В линию преемственности Джонанг входит множество прославленных учителей буддизма, среди которых выдающийся Джецун Таранатха (1575–1634). Он уделял большое внимание Калачакра-тантре, основал монастырь Тактен Пунцок Чолинг (близ Шигадзе, Тибет). Таранатха получил всеобщее признание как великий наставник, йогин и историк своего времени. Многие из его трудов до сих пор изучаются в разных школах тибетского буддизма. Два самых известных сочинения Таранатхи: «История буддизма в Индии» и «Золотые четки Тары».
После паринирваны Таранатхи в середине XVII века, во времена правления Пятого Далай-ламы, традиция Джонанг подверглась гонениям со стороны школы Гелуг. Последователи Гелуг объявили взгляд жентонг на пустоту еретическим – запечатывали библиотеки, сжигали книги, захватывали монастыри. Попытки искоренить эту традицию объясняются в большей степени политическими соображениями, поскольку правящая традиция Гелуг опасалась того, что Джонанг поддерживала опасную связь с монголами. Данное мнение подтверждается словами Его Святейшества Далай-ламы XIV, приведенными в книге Гленна Муллина «Четырнадцать Далай-лам»:
Эти монастыри [традиции Джонанг] закрывались по политическим причинам, а не по религиозным, и закрытие их не имело ничего общего с сектантскими разногласиями.
Таким образом, многие стали считать, что традиция Джонанг полностью исчезла в XVII веке. Однако монастыри Джонанг продолжают функционировать в Тибете и по сей день, включая главный монастырь Цангва, расположенный в Дзамтанге. Большинство монастырей этой традиции находится в тибетском регионе Амдо. Они сохранились в силу того, что были расположены далеко от центра распространения Гелуг – Лхасы. Поскольку в XVII веке были запрещены сочинения Долпопы и многих других мастеров Джонанг, эти труды стали редкими. Некоторые из них были вновь открыты и напечатаны лишь в 70–80-х годах XX столетия.
Традиция Гелуг вобрала в себя учения Калачакры, которые стали важной ее частью. Нынешний Далай-лама XIV активно передает Калачакра-тантру. Однако Его Святейшество не раз отмечал, что для практики стадии завершения Калачакры необходимо обращаться к единственным держателям шести йог Калачакры – мастерам традиции Джонанг. Линия передачи Калачакры школы Джонанг сохранилась также в других тибетских традициях: в Кагью (в особенности у мастеров ее подшкол Шангпа Кагью – Калу Ринпоче, Бокара Ринпоче и Карма Кагью – Тенга Ринпоче) и Сакья (Сакья Тризин Ринпоче).