Прославился в ходе Первой Итальянской кампании 1796—97 гг. генерала Бонапарта, принимал участие в сражениях при Лоано, Монтенотте, Дего, Лоди, Лонато, Кастильоне (награждён Почётной саблей – Sabre d, Honneur), Кальдиеро и Арколе, за исключительное мужество в сражении при Риволи получил в армии прозвище «Любимое дитя Победы» (Еnfant cheri de la Victoire).
В 1798 г. он был послан в Рим для истребования удовлетворения за убийство французского генерала Дюпота, который находился в Риме в составе посольства Жозефа Бонапарта. В качестве удовлетворения Массена фактически оккупировал Рим. Здесь у военачальника возникли крупные пререкания с подчинёнными по поводу грабительства комиссариатских чиновников армии, которым он, по-видимому, покровительствовал.
В 1799 г. он получил командование войсками в Швейцарии, в Первой битве под Цюрихом 4—7 июня потерпел поражение от австрийской армии эрцгерцога Карла и отступил, бросив в городе 149 орудий.
Правда, после ухода эрцгерцога вернулся и во Второй битве под Цюрихом разбил русско-австрийскую армию под командованием генерала Римского-Корсакова несмотря на то, что его армии численностью 35 тыс. (есть и др. цифры) противостоял русский корпус численностью 27 тыс. и (лишь отчасти!) австрийский корпус численностью 25 тыс.
19—20 сентября 1799 г. потерпел поражение в бою с русскими войсками под командованием Суворова в Муттентале и Клентале (Швейцария). Там он чуть было не попал в плен и чудом спасся, оставив в руках русского унтер-офицера Махотина обрывок своего расшитого золотом генеральского мундира.
После переворота 18 брюмера отозван из Швейцарии и 23 ноября 1799 г. назначен командующим 40-тысячной Итальянской Армии, в апреле 1800 г. потерпел поражение от австрийских войск генерала Меласа и с боями отступил в Геную, где в конце апреля был блокирован войсками фельдмаршала Отта.
После трёхмесячной героической обороны был вынужден 4 июня капитулировать на почётных условиях.
19 мая 1804 г. – маршал Империи, с 2 февраля 1805 г. – шеф 14-й когорты Почётного Легиона.
Во время Австро-русской кампании 1805 г. командовал войсками в Италии, выстоял в сражении с эрцгерцогом Карлом при Кальдиеро, потом занял Венецию, Каринтию и Штирию; после Пресбургского мира оккупировал Неаполитанское королевство.
1 июля 1806 г. добился капитуляции крепости Гаета, затем подавил восстание в Калабрии.