Перед угрозой открытого мятежа Директория была вынуждена отозвать скомпрометировавшего себя генерала. Сдав командование генералу Дальманю, Массена уехал в Париж, где употребил все свое влияние, чтобы смягчить участь офицеров-заговорщиков.
Более года он оставался не у дел.
Только в апреле 1799 г. был назначен командующим войсками в Швейцарии в связи с начавшейся войной со Второй антифранцузской коалицией и первыми неудачами республиканских войск. В той кампании 1799 г. во всей полноте раскрылся полководческий талант Массены.
Сразу же со вступлением в должность Массена решил действовать наступательно. Перейдя Рейн, возглавляемая им армия (свыше 70 тыс. чел.) подступила к австрийской крепости Фельдкирх. Но штурм этой крепости окончился неудачей, и Массене пришлось отступить. После того, как Журдан на Рейне и Шерер в Италии потерпели поражения, положение Массены в Швейцарии сделалось угрожающим, и он тоже вынужден был начать отступление. К осени 1799 г. положение на фронтах для Французской республики стало почти катастрофическим. Русско-австрийская армия А. В. Суворова, наголову разгромив французов, овладела почти всей Северной Италией и угрожала вторжением во Францию. На Рейне положение французских войск также было ненамного лучше.
В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 30—40 тыс. чел.). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в двухдневном (так называемая Вторая битва) сражении при Цюрихе (25—26 сентября 1799 г.) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию.
Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (ок. 20 тыс. чел.; данные разнятся), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских воинов Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. (Правда,