Другой военачальник на месте Массены ни о чем бы ином и не думал, кроме обороны. Но не таков был старый вояка. Несмотря на превосходство противника в силах, он сам выдвигается на него. Правда, активные действия успехом не увенчались. В трехдневном сражении при Кальдиеро (29—31 октября 1805 г.) Массена опрокинуть врага не сумел, но и сильно не опозорился.
Однако поставленная перед ним Наполеоном задача была успешно выполнена. Проиграв в тактическом плане, он выиграл в стратегическом. Сковав своей активностью лучшую австрийскую армию, он создал Наполеону благоприятные условия для разгрома противника на Дунае. В то время, когда австрийская армия была окружена Наполеоном в районе Ульма, эрцгерцог Карл ничем не мог ей помочь. На первый взгляд, казалось бы, авантюрные действия Массены в Италии имели глубокий стратегический смысл. Они во многом способствовали успеху главных сил наполеоновской армии на основном, Венском, направлении. После сокрушительного поражения австрийцев под Ульмом эрцгерцог Карл вынужден был начать отступление из Италии. Преследуя отступающего противника, Массена овладел всей Северной Италией, занял Венецию, затем Каринтию и Штирию. В декабре 1805 г., уже после Аустерлицкого сражения, он соединился с Великой армией Наполеона.
11 декабря 1805 г. император назначил его командиром VIII-го корпуса Великой армии.
После окончания войны с Австрией Наполеон поручил Массене возглавить вновь сформированную Неаполитанскую армию (9 января 1806 г.), перед которой была поставлена задача разгромить королевство неаполитанских Бурбонов. Уже 13 февраля 1806 г. предводимые Массеной войска заняли Неаполь, а затем оккупировали и все Неаполитанское королевство (кроме Сицилии). После этого последовала длительная осада крепости Гаэта (февраль – июль 1806 г.), которой Массене удалось овладеть лишь 19 июля. Причина столь длительного сопротивления этой приморской крепости заключалась не только в упорстве противника, но прежде всего в недостатке сил, первоначально выделенных Массеной для овладения ею, а также мощной огневой поддержке с моря, которую оказывал осажденной крепости английский флот.
В августе 1806 г. Массена предпринял экспедицию в Калабрию, в ходе которой разгромил повстанческие отряды легендарного Фра-Дьяволо, поднявшего народ на борьбу с иностранными захватчиками. В завоеванном Массеной Неаполе Наполеон посадил королем своего старшего брата Жозефа Бонапарта.