После участия в следственной комиссии Андрей Клешнин продолжил службу, в ходе которой неоднократно отправлялся в военные походы и участвовал в посольских приемах.
Унаследовав по смерти отца Сатино с пустошами в Боровском уезде, а также сельцо Сидорово в Вяземском стане Московского уезда, за время своей службы Клешнин многократно увеличил свои земельные владения. Большинство из них находилось в Московском уезде. Кроме того, земельные владения А. П. Клешнина располагались в Зубцовском, Старицком, Бельском, Рязанском, Можайском и Тверском уездах.
Когда исследователи говорят о связи А. П. Клешнина с семейством Нагих, прежде всего указывают на замужество его дочери Марии за Григорием Федоровичем Нагим, родным братом царицы Марии, но по сведениям А. В. Антонова случилось это уже после смерти Клешнина – в 1604/1605 г.
А вот за несколько лет до угличских событий Клешнин действительно выкупил у Варвары Григорьевой Нагой, которая была замужем за князем Фёдором Долгоруковым, село Ведерниково с деревнями в Бельском уезде – крупную вотчину размером в 400 четвертей.51
От духовных властей официальным представителем в Углич был назначен митрополит Крутицкий Геласий. В числе участников следственной группы Геласий не фигурирует – его имя упоминается в материалах дела лишь в связи с подачей Марией Нагой челобитной, которую Геласий представил Освященному собору 02 июня 1591 года.
Скорее всего, миссия Геласия, представлявшего Патриарха, в данном деле состояла в отпевании и погребении тела царевича.
Ранее имя Геласия упоминается в докладе от 23 января 1589 года царю Федору Иоанновичу от цареградского патриарха Иеремия и всего священного Российского собора об избранных кандидатах на патриаршество всея России, а уже 26 января того же года Геласий участвовал в торжественном посвящении первого патриарха Иова. Тогда он подписывался как епископ Сарский и Подонский.
Ни для кого не секрет, что Борис Годунов сыграл весьма активную роль в решении патриаршего достоинства главе Московской митрополии. Когда в 1588 году в Москву прибыл Вселенский Патриарх Иеремия, именно с Годуновым у него состоялся разговор о патриаршестве. И сначала Годунов вообще предложил Иеремии, оставаясь Вселенским Патриархом, стать ещё и главой Русской Церкви, но с кафедрой во Владимире (потому как московская занята митрополитом). В результате добро было получено, в январе 1589 года в России учреждено патриаршество.