Уже в 1626 году оно находилось в весьма плачевном состоянии. Согласно описи Посольского приказа, составленной спустя 35 лет после случившегося, дело «роспалося все и верху у нево нет»52.
Некоторыми исследователями высказывается мнение о том, что недостающая часть документов дела была изъята, а оставшиеся материалы отредактированы заинтересованными лицами для сокрытия некоторых обстоятельств произошедшего, которые в будущем могли бы помочь пересмотреть результаты официальной версии случившегося.
Причем число претендентов в «заинтересованные» нельзя сказать что незначительное. Помимо Бориса Годунова, Василия Шуйского и Лжедмитрия I здесь и Андрей Клешнин с Елизарием Вылузгиным, и Михаил Романов со своим отцом Патриархом Филаретом, и более поздние представители династии Романовых.
Не следует версию с изъятием и подделкой материалов следственного дела рассматривать как аксиому. Из Описи 1626 года можно узнать, что многие дела и отдельные документы, хранившиеся в посольском архиве, содержат пометы «ветха и изодралася, печать отпала», «смешены и изодраны», «ветхи и изодраны», «роспался весь, иных столбцов нет», «верху нет, весь росклеился», «изотлел и роспался», «ветх добре и роспался», «многово места чести нельзя, изгнило»… Как видим, утрата целостности отдельных документов и дел в те времена была присуща множеству из них. Причем среди поврежденных встречаются документы не менее важные, чем дело об угличских событиях. Это и сыскное дело в отношении князей Михаила и Андрея Воротынских, и сыскное дело в отношении митрополита московского Антония, и смертный приговор Петру Головину за расхищение государственной казны, и другие. Все эти дела уже на тот момент были в весьма плачевном состоянии.
Причины ветхости интересующего нас дела точно неизвестны. Скорее всего, они, как и множество других дел, связаны с ненадлежащими условиями хранения документов, которые оставляли желать лучшего.
Кроме того, документы могли быть повреждены, а то и полностью уничтожены в результате пожаров. Так, у грамоты свейской перемирной царя и великого князя Федора Иоанновича всея Руси, датированной 1593-м годом, 3 печати «в пожар растопилися, и грамота поплела и подралась». А, например, небольшой столпик, содержащий отписки из городов о целовании креста новоизбранному царю Борису, не только обветшал, истлел и распался, но и мышами изъеден