В войне 1809 г. с Австрией Богарне впервые выступил в роли главнокомандующего, возглавив Итальянскую армию. Правда, еще не будучи вполне уверенным в его способностях возглавлять столь крупное армейское объединение, и главное, отчетливо сознавая, что его приемный сын не обладает необходимым боевым опытом для занятия такой ответственной должности, Наполеон приставил к нему наставником опытного генерала Макдональда (будущий маршал Империи). Тот сражался с самим «Русским Марсом», правда, неудачно, но и такой опыт в ту пору считался полезным. Тягаться с Суворовым в открытом поле было крайне проблематично. Под руководством и опекой этого бывалого военачальника (наяву познавшего в многодневной битве при Треббии, как выносливые русские мужики умеют осатанело наматывать на свои тульские штыки вражеские кишки!) вице-король Италии делал свои первые шаги в роли главнокомандующего армией, постигая искусство руководства крупными массами войск в боевой обстановке.
Начало кампании 1809 г. сложилось для Итальянской армии неудачно.
Австрийская армия эрцгерцога Иоанна в Италии имела заметное превосходство в силах. Под ее натиском войска Итальянской армии были вынуждены отступать. В сражении 16 апреля 1809 г. при Салиле они потерпели поражение. Но, получив крупные подкрепления, в результате чего численность Итальянской армии к 26 апреля возросла до 60—68 тыс. человек, Богарне немедленно перешел в контрнаступление. Последовательно нанеся поражения противнику в сражениях на р. Брента, а затем – на берегах р. Пиавы, он вытеснил австрийцев из Италии и в начале мая перенес боевые действия на территорию Иллирийских провинций.
Решающую роль в достижении этих успехов сыграли, конечно, победы Наполеона на основном театре военных действий в Германии, вынудившие австрийцев начать отступление из Италии. Вместе с тем нельзя не отдать должное и главнокомандующему Итальянской армией. Наполеоновский пасынок (приемный сын) во время этой кампании проявил не только хорошие организаторские способности, но и военный талант. Он осуществлял руководство войсками (под присмотром cурового «шотландского дядьки-генерала», напомним: яростно сражавшегося с самим «неистовым стариком Souvaroff» в Италии в далеком 1799 г.!) с необходимой для полководца твердостью и умением, действовал разумно и решительно, но в то же время осмотрительно, реально учитывал сложившуюся на театре военных действий оперативно-тактическую обстановку, стремился не допускать крупных оперативных просчетов. В целом экзамен на зрелость в своей новой роли Эжен де Богарнэ выдержал вполне успешно.