Тем не менее, Дезе считали роялистом и боялись. К тому же он открыто возмущался казнью Кюстина и насилиями якобинцев над его матерью и сестрой, заключенными в тюрьму. Несмотря на самые лестные отзывы о Дезе генералов Пишегрю и Сен-Жюста, Национальный конвент снова распорядился об его аресте, но когда комиссары явились в лагерь за Дезе, солдаты, обожавшие своего начальника, их прогнали. Конвент, боявшийся армии, оставил Дезе в покое.
28 мая 1794 г. Дезе принимал участие в сражении при Киррвейлере, которое закончилось для французов крайне неудачно. В 1796 г., находясь в армии Моро, Дезе был одним из главных участников знаменитого отступления из Баварии: Дезе укрепился в Келе, остановил армию эрцгерцога Карла и задержал наступление австрийцев до той поры, пока всякая опасность для Моро миновала. После этого он и сам отступил вполне благополучно.
Подобно многим французским генералам того времени, Дезе восторгался подвигами Бонапарта и, желая попасть под его команду, устроил себе командировку в Итальянскую армию. Очарованный приемом Наполеона, Дезе принял с ним участие в Египетской экспедиции.
В начале кампании Дезе принимал участие во взятии о. Мальты и затем Александрии. Также он находился и в сражении у Пирамид. Командуя авангардом, Дезе разбил арабов при Уамбо и, уничтожив войска Мурад-Бея, завоевал большую часть Верхнего Египта. В Египетской армии Дезе пользовался тем же обаянием, как и в Рейнской. Подобно Баярду, его называли рыцарем без страха и упрека. За справедливость и честность подчинённые прозвали его «Sultan-Juste». Наполеон также очень ценил заслуги Дезе и за подвиги в Египте прислал ему саблю при весьма лестном письме.
Уезжая во Францию, Наполеон, вместе с Дюроком, хотел взять с собой и Дезе, но последний не мог прибыть вовремя и остался в Египте. Заключив Эль-Аришский договор с англичанами и турками, Дезе отправился во Францию. Остановившись в Ливорно, он был задержан англичанами и, несмотря на то, что по заключенному договору имел право проезда во Францию, был объявлен военнопленным. Адмирал Кейт назначил на его продовольствие по 1 франку в день. «Я думаю, – сказал он Дезе, – вы, объявившие принцип всеобщего равенства, будете вполне довольны, если я буду кормить вас наравне с солдатами?» – «Я всем доволен, адмирал, – отвечал Дезе, – но я имел в Египте дело с турками, мамелюками, арабами и неграми, и все они держали своё слово, которого не сдержали вы. Единственно, о чём я прошу, это чтобы вы избавили меня от своего присутствия».