Это государство возникло на острове Ява. В одном из семи княжеств острова около 1320 г. Маджапахит стал верховным правителем. Сосредоточив всю власть, ему удалось быстро подчинить себе все княжества Явы и захватить близлежащие острова, создав к 1364 г. государство по площади примерно равное территории Индонезии. Период существования этого единого государства называют «золотым временем Индонезии».
Таким, возможно, был флаг Маджапахита. В настоящее время – военно-морской флаг Индонезии.
На многих старинных гравюрах и картинах того времени изображены красно-белые цвета. Считается, что они были государственными в империи Маджапахита, так как многие из государств, существовавших в этот период и образовавшиеся после развала империи, по мнению некоторых индонезийских историков, использовали красно-белые флаги или красные флаги с белыми изображениями эмблем. Например, красно-белое военное знамя было у правителя государства Кедири (существовало на Яве в XI – XIII вв.) раджи Джаякатванга. В княжестве Боне (существовало на юге Сулавеси в XV – XVI вв.) красно-белый флаг был символом величия и могущества государства. В конце XIX – начале XX вв. отряды батакского правителя Сисингамангараджи XII воевали против голландских колонизаторов также под красно-белым флагом с изображением двух мечей. Под красно-белым флагом сражались во время Яванского антиколониального восстания 1825—1830 гг. повстанцы во главе с Дипонегоро. Под таким же флагом с изображением меча, полумесяца, солнца, звезд и строк из Корана сражались с голландцами индонезийцы во время национально-освободительной войны в Ачехе (1873—1904).
В 1922 г. Индонезийский студенческий союз, созданный в Нидерландах в 1908 г., объявил своим флагом также красно-белый, на котором была изображена голова водяного буйвола. В 1924 г. этим союзом была издана книга, рассказывавшая о деятельности союза в Европе в 1908—1923 гг., на обложке которой был изображен красно-белый флаг.
Основанное 4 июля 1927 г. Сукарно национально-освободительное движение также избрало своим символом красно-белый флаг, который впервые подняли в 1928 г. на острове Ява. Этот флаг, как и первый флаг независимой Индонезии, был изготовлен госпожой Сухарно.
Таким образом, красно-белый флаг имеет давнюю историю, тесно связанную с антиколониальной борьбой.