Богом дарованную свободу мы вправе употреблять лишь на служение Ему – Богу правды
После кончины протопресвитера армии и флота Александра Желобовского на эту должность 7 мая 1910 года был назначен протоиерей Евгений Аквилонов, придерживавшийся во многом взглядов своего предшественника. Будучи сам ученым богословом, он был ценителем высшего богословского образования и старался привлекать на службу в ведомство военного духовенства священников с академическим образованием. Через неделю после своего назначения протоиерей Евгений исхлопотал возвращение отца Романа в военное ведомство и 14 мая 1910 года назначил его настоятелем построенного в 1857 году обширного Адмиралтейского собора в Севастополе, вмещавшего до восьмисот человек, освященного в честь святителя Николая Чудотворца. К собору были приписаны храм святого равноапостольного князя Владимира и церковь Черноморского флотского экипажа во имя святого Ростислава, вмещавшая до тысячи человек, построенная для матросов, которые жили на берегу, и для обучавшихся новобранцев. Причт собора размещался в расположенном рядом с собором каменном двухэтажном доме. 20 июня 1910 года отец Роман был возведен в сан протоиерея и назначен благочинным над Севастопольскими неподвижными военно-морскими храмами Черноморского флота.
Еще в 1905 году командование Черноморским флотом было обеспокоено религиозным и нравственным состоянием моряков. Командование видело главным средством воспитания команд их духовно-нравственное развитие, проведение бесед для противодействия влиянию сектантов и антиправительственных агитаторов. Однако при массе живущих в Севастополе моряков их религиозные пожелания удовлетворить было почти невозможно. Имеющийся в Севастополе небольшой штат морского духовенства при существовавших трех храмах морского ведомства едва мог удовлетворить религиозные потребности офицеров и их семей. Сами храмы могли вместить лишь небольшую часть моряков, на судах находилось всего два священника, и потому большая часть моряков не только была лишена духовного руководства, но и лишена возможности посещать богослужения. По этой причине командование Черноморского флота просило штаб флота увеличить число штатных священнослужителей, добавив к двум имеющимся восемь священников, по числу флотских экипажей. Или хотя бы даже трех – на два экипажа по одному священнику. Командование просило назначить священников «достаточно подготовленных, обладающих даром слова и могущих относиться к делу не с официальной лишь стороны, а вложить в него все свои силы и способности».