Живя в Петербурге, Роман Иванович познакомился с протоиереем Иоанном Кронштадтским и, став его духовным сыном, ничего впоследствии не предпринимал без его благословения. Духовное окормление отца Иоанна оказало на него большое влияние, и, рукоположенный во священника, он центром своей деятельности сделал литургическое служение, и были периоды, когда он служил ежедневно.
12 августа 1899 года Роман Иванович был назначен помощником инспектора Литовской духовной семинарии. Ректором семинарии был тогда архимандрит Палладий (Добронравов), инспектором – Иосиф Васильевич Щербицкий, а затем священник Евстафий Сергеевич Гроздов, надзирателем – Владимир Кузьмич Ходкин. Все были выходцами из Западных и Северо-Западных губерний Российской империи – Могилевской, Виленской, Ковенской и Люблинской.
В 1900 году в семинарии произошло событие, которое потрясло всех, – и не столько своим непосредственным содержанием, ибо нет ничего более обычного и привычного на земле, чем смерть, сколько своей внезапностью. В последних числах мая утонул ученик 5 класса Всеволод Парчевский. Это произошло столь стремительно, что никто не успел оказать ему помощь, а затем прошло еще некоторое время, пока полицейские смогли отыскать его тело. После отпевания, совершенного в семинарской церкви, гроб был отнесен семинаристами на кладбище. И здесь, у открытой могилы, Роман Иванович сказал надгробное слово, в котором отразилось его стремление проникнуть в тайны жизни за гробом: «Еще несколько мгновений и сырая земля навсегда скроет от нас прах возлюбленного брата нашего, воспитанника Всеволода. В эту минуту тяжкой разлуки последнее слово должно принадлежать тебе, брат наш Всеволод!
Ты знаешь теперь больше нас. Ты знаешь тайну жизни и тайну смерти, и мы не ошибемся, когда скажем, что твоя откровенная душа хотела бы поделиться с нами твоим новым знанием. Увы! безмолвные уста закрылись навеки и не откроются никогда. Тщетно с напряженным вниманием мы будем прислушиваться к твоему праху. – Но твоя душа жива. Ее не видят телесные очи, не слышат земные уши. Но у людей веры есть видение веры, и у людей любви есть слух любви. Проникая в твою душу, это видение и этот слух слышат, что из-за пределов смерти ты обращаешься ко всем нам с тихой мольбой. Она есть плод новоузнанной тайны твоей и того тихого покоя, который должны были возбудить в тебе молитвы Святой Церкви.