Не удивительно, что эрцгерцог, находясь в семье консервативных, католических Габсбургов, получил такое же традиционное, консервативное образование. Высказывались реакционные взгляды, а противоположные точки зрения подавлялись. Профессор Отто Клоп (Otto Klopp), который преподавал своему ученику уроки истории, отличался близорукостью и нетерпимостью. Либеральная политика, опасности современной мысли и мрачные предупреждения о росте прусской угрозы, представляющей опасность для божественной миссии Габсбургской монархии, являлись отличительными чертами этих уроков. Клопа так волновало, что противоречивые идеи могли повлиять на его ученика, что он даже лично переписал для юного эрцгерцога учебники по истории, чтобы удалить нежелательные и пагубные политические понятия.
Религиозное обучение только усиливало этот подход. Готфрид Маршалл (Gottfried Marschall), священник семьи Карла Людвига, вел уроки по истории католической церкви и доктрине. Хотя он часто и описывается как человек либеральных наклонностей, но в действительности Маршалл был глубоко консервативным. В его лекциях подчеркивались религиозные обязанности молодого эрцгерцога, которые ему придется на себя принять в качестве члена католической семьи Габсбургов. Сам Франц Фердинанд только упрощал его задачу: даже в юности он был необычайно благочестивым, увлекался церковными ритуалами и мог часами стоять в тени дворцовой церкви, впитывая атмосферу чарующей мистики. Личная предрасположенность и лекции Маршалла оставили свой след. Душевные поиски Франца Фердинанда привели его к религии: его твердая католическая вера давала ему ответы на все важные философские вопросы, и он не видел причин сомневаться в учении и мудрости церкви. Однако он был во многом свободен от религиозной нетерпимости. Слишком многие люди, как думал Франц Фердинанд, были неискренни в своей вере. Те, кто исповедовал свою религию с искренностью и благочестием, всегда вызывали его восхищение. «В конце концов, именно это является важным, – озвучил он однажды это свое отношение, – а являются ли эти люди христианами или мусульманами – имеет гораздо меньшее значение».
Немецкий был основным языком для любого эрцгерцога Габсбурга, но были и уроки французского, английского, чешского и венгерского языков. Но большая часть усилий Франца Фердинанда в их изучении пропала даром. «Ему было свойственно отсутствие каких-либо талантов к языкам», – писал один министр правительства. Он владел французским достаточно хорошо, но его английский оставался расплывчатым и невнятным. Временами он начинал неплохо на нем говорить, но тут же спотыкался и неловко подбирал слова. Крайне сложный венгерский язык давался ему тяжелее всего. Франц Фердинанд брал уроки венгерского языка всю свою жизнь, но так и не смог на нем нормально говорить.