Дело было так. Утром 7 июня четверо сотрудников Народного комиссариата внутренних дел (НКВД – предшественник более известного КГБ) ворвались в его комнату, обвиняя его в измене. Ошеломленный Королёв попробовал защищаться, но был грубо схвачен, брошен в тюрьму, а потом его, опухшего и со сломанной челюстью, поставили перед судом, который приговорил его к смертной казни. Что произошло? За несколько месяцев до этого та же судьба постигла его начальника, и, чтобы облегчить свою участь, он назвал Сергея Павловича своим сообщником. На самом деле вина обоих инженеров состояла в том, что они не завершили в срок исследовательский проект, над которым работали. В эпоху сталинских чисток этого было достаточно, чтобы быть признанным врагом народа. Когда было установлено, что речь не идет о саботаже, смертная казнь была заменена на заключение сроком десять лет. Королёву удалось выжить в нескольких тюрьмах, среди которых исправительный трудовой лагерь на золотых рудниках в Сибири, однако он был физически истощен до такой степени, что потерял почти все зубы. Позже ожидание неизбежной войны с гитлеровской Германией побудило Лаврентия Берию, главу НКВД, перевести его в одну из засекреченных исследовательских лабораторий – часть системы ГУЛАГа, где условия были помягче, а ум Королёва мог найти применение в проектировании бомбардировщиков.
Он работал так хорошо, что в конце войны был переведен на работу под наблюдением. Он должен был в кратчайшие сроки сконструировать ракету, эквивалентную «Фау-2», которую производили в Третьем рейхе конструкторским бюро барона Вернера фон Брауна в секретной лаборатории Пенемюнде на Балтийском море. Сталин предчувствовал важность этого нового вида оружия и хотел иметь его, но ему не удалось заполучить немецких ученых: чтобы не попасть в советский плен, они добровольно перешли к американцам. Королёв выполнил поставленную перед ним задачу и, хотя он еще находился в статусе политического заключенного, был отправлен в Германию в чине полковника с заданием собрать по крупицам имевшуюся о «Фау-2» информацию. Когда Королёв вернулся в Москву, он был назначен управляющим исследовательским центром по проектированию ракет для военного применения под надзором НКВД, которое время от времени давало о себе знать ночными телефонными звонками. Первый результат – баллистическая ракета малой дальности Р-1, известная на Западе под названием