Будучи уже в Вологде, Михаил Леонтьевич, когда Наполеон уже находился в ссылке на острове Эльба, подсуетился и посетил Грузино (вне столичная резиденция Аракчеева на берегу реки Волхов Санкт-Петербургской губернии) с целью прошения о смягчения своей ссыльной участи перед фаворитом Александра I графом А.А. Аракчеевым. Как следствие этой встречи в Грузино последовало ходатайство фаворита перед императором и Магницкий был назначен в конце лета 1816 года воронежским вице-губернатором, а в последующим Симбирским гражданским губернатором. Участь его бывшего начальника , Сперанского, была так же изменена в лучшую сторону – был определён губернатором в Пензенскую губернию. По тому, как Магницкий относился впоследствии своего нахождения на должности гражданского губернатора к своему служебному миру, можно судить с его слов, высказанных им при первой встрече по приезду в Симбирск – «коллекция, какой я с рода не видал, точно четвероногие стали на задние лапы и надели шитые ошейники, на которых виднелись ленты и звёзды, с изображением страха и ожидания наказаний, словно повешенные собаки». За время своего симбирского губернаторства Магницким было привлечено к суду восемь помещиков за тиранство по отношению к своим крестьянам. При переводе Михаила Леонтьевича на должность члена главного правления училищ министерства народного просвещения, местные симбирские помещики выпили всё шампанское, что было в Симбирске, включая и пригороды.
Именно с назначения в комиссию по ревизии Казанского университета и назначения его попечителем казанского учебного округа Магницкий вошёл в историю как «разрушитель Казанского университета». Выскажу своё мнение. Возможно, оно абсурдно. Отчего пошла коренная ломка учебного процесса университета, проводимая новым попечителем? Заглянем на несколько лет вперёд. В июле месяце 1825 года Михаил Леонтьевич во второй раз посетил Аракчеева в его усадьбе Грузино. За пять дней пребывания у царского фаворита ему снится сон. Суть его, коротко, дух старца водит Магницкого по саду хозяина усадьбы Грузино с разными повествованиями. Но главное, этот факт говорит о том, что Магницкому снятся сны, которые он считает вещими. Поэтому, вполне возможно, что Магницкому приснились два образа братьев Ульяновых, покушавшихся на устои монархии. Оба были выпускники Казанского университета, Александр и Владимир. Отсюда такая агрессия на университет со стороны Магницкого. Согласны? Что-то странное в поведении Магницкого заметил и Сперанский и, даже, рекомендовал своей дочери больше не общаться с ним.