В то время как в XV веке происходило расширение и укрепление контроля над соседями и внутри правящей семьи, XVI век был периодом административной организации и завоевания важных неславянских торговых центров. Иван IV, царствовавший в 1533–1584 годах, заслужил прозвище «Грозный», и не случайно: историки до сих пор поражаются его жестокости, символом которой стала опричнина (1564–1572). Разделение страны, войска и элиты на две части привело к хаосу, усугубленному долгой Ливонской войной (1558–1581). Династия угасла вместе с сыном Ивана IV, Федором Иоанновичем (1584–1598). Отсутствие правил наследования вызвало политический кризис, который, в свою очередь, привел к социальным потрясениям и иностранному вторжению – «большие люди» и боярские семейства целое десятилетие не могли договориться между собой относительно того, кто станет законным правителем. Смутное время (1598–1613; см. настоящий раздел и главу 6) стало периодом кратких царствований, причем смена власти не всегда была мирной: Борис Годунов (из московских бояр; 1598–1605), Лжедмитрий I (претендент на престол, 1605–1606), Василий Шуйский (из московских бояр; 1606–1610), захват поляками Кремля и переговоры с польским королем Сигизмундом Вазой и его сыном Владиславом (1610–1613). После этого бояре пришли к соглашению, трон заняла династия Романовых, и вскоре государство смогло восстановить стабильность в стране.
Стремясь к стабильности, новая династия сохранила прежние государственные институты (централизованный бюрократический аппарат, крепостное право, пристальный контроль над ресурсами), элиты (бояр и поместную конницу) и цели (территориальную экспансию). Были произведены военные реформы, начались социальные преобразования, происходил экономический рост. Господствующая культура и господствующая идеология по-прежнему основывались на учении Русской православной церкви, и на протяжении XVII столетия формы, в которых находила свое выражение культура, оставались явно «средневековыми», если сравнивать Россию и значительную часть ее европейских соседей. Светского искусства, как и письменности или науки, не существовало; культурное самовыражение определялось в основном религией – это касалось искусства, архитектуры, агиографии, истории. Книгопечатание не приветствовалось ни церковью, ни государством; Россию не затронула бурная протестантская Реформация XVI века, хотя к концу XVII века она нашла здесь кое-какой отклик и оказала определенное влияние (см. главу 13). Но за фасадом традиции шли перемены. В XVII–XVIII веках империя постепенно становилась многоэтнической и многоконфессиональной: ее населяли мусульмане, буддисты, католики, лютеране, иудеи, говорившие на самых разных языках, включая украинский, белорусский, татарский, языки народов Сибири, польский, немецкий. Из Украины проникали новейшие европейские тенденции в области искусства, архитектуры, политической мысли.