Разрешение Евгений Францевич получил.
Новая поездка в Италию в 1897 г. убедила его в необходимости учреждения в Риме русского научного представительства, которое бы отвечало потребностям современной русской исторической науки[14]. В 1899 г. он выступил со своими предложениями на IX Археологическом съезде в Киеве. В своем докладе он рассказал об открытии в Ватикане научных институтов и комиссий нескольких европейских государств, призванных изучить богатейшие архивные собрания. Шмурло предложил создать в Италии русскую историческую комиссию и составил ее проект[15].
К сожалению, Русский институт в итальянской столице так и не был создан. Зато осенью 1903 г. при поддержке А. С. Лаппо-Данилевского Евгений Францевич был назначен ученым корреспондентом Императорской Академии наук в Риме и перебрался в Италию[16]. Согласно утвержденному «Положению об обязанностях…» Шмурло должен был заниматься описанием, собиранием и критической обработкой материалов по русской истории, хранящихся в итальянских библиотеках и архивах, изготавливать или заказывать копии документов, сличать рукописи, приобретать предметы древности и по результатам этой работы представлять ежегодно два отчета – финансовый и научный[17]. По просьбе Академии наук Е. Ф. Шмурло подбирал образцы письма, делал фотографические снимки для дальнейшего обучения русских исследователей основам европейской палеографии. Приведем лишь один яркий пример. В мае 1905 г. к Е. Ф. Шмурло обратился его давний знакомый С. Ф. Ольденбург, который интересовался записками иезуита Ипполито Дезидери (Ippolito Desideri, 1684–1733)[18]. Он был интереснейшей фигурой в истории католической церкви, ибо прославился не только как миссионер, но и исследователь. Он долгое время жил в Индии, но, главное, стал одним из первых европейцев, проникших на Тибет, изучивших тибетский язык и занявшихся изучением буддизма. Дезидери прожил на Востоке с 1713 по 1727 г., а результаты его обширной и многогранной работы нашли отражение в монументальном труде о Тибете. Увы, автор не увидел его опубликованным. Конгрегация евангелизации народов (Congregatio pro Gentium Evangelizatione) запретила печатание и на многие десятилетия похоронила уникальный труд Дезидери в ватиканских архивах. Ученые получили возможность обратиться к нему лишь в конце XIX – начале XX в.