19 ноября 1898 года иеромонах Фаддей был назначен инспектором Минской духовной семинарии, 31 декабря – членом Минского епархиального училищного совета. В Минске ему часто приходилось проповедовать в Петропавловском кафедральном соборе и в других храмах. Зачастую его проповеди были не только толкованием Священного Писания, но и изложением личного духовного опыта. «С каждым из нас бывают минуты духовного просветления, когда мы начинаем сознавать и сожалеть о том, что ведем жизнь недостойную христианского звания, забыли и уклонились от заповедей Христовых, – сказал иеромонах Фаддей в слове в кафедральном соборе. – Вот в эти-то минуты, когда мы сознаем всю опасность для нашей души греха, мы и бываем более всего способны понимать и чувствовать сердцем радость спасения. Мы знаем, что и сделавшись близки к духовной погибели, мы имеем Спасителя. Поэтому после скорбных покаянных чувств душу нашу исполняет тихая радость, и в успокоенной совести снова водворяется мир. <…>
В детстве мы испытывали большую радость потому, что сама детская природа более чувствительна. Теперь же недостаток природных добрых чувств и расположений мы должны восполнить сами, собственным трудом и усилиями. Мысль наша прикована лишь к земному и неспособна долго сосредоточиться на размышлении о духовных предметах. Поэтому мы должны употребить усилия, чтобы возвращать свою мысль, чтобы она не блуждала праздно и была занята всегда чем-либо достойным размышления. Это кажется для нас трудным и даже невозможным, но иного пути нет; желающим же вступить на этот путь явится на помощь благодать Божия».
14 апреля 1899 года иеромонах Фаддей писал ректору Московской духовной академии епископу Арсению (Стадницкому): «Христос Воскресе! Ваше Преосвященство и отец ректор. Хотя вообще при теперешних обстоятельствах я не могу так же деятельно интересоваться жизнью академии, как прежде, тем не менее в этот праздник неудобным кажется предаваться лени. Побуждают к этому разные связи (духовные, умственные, нравственные…), которые за недавностью не могли порваться. Конечно, я теперь не человек, стремящийся к высокой науке прежде всего, так как административная деятельность доселе очень мало представляет к тому благоприятных условий. А переставши быть таким, менее волнуюсь и событиями в высшем центре богословской науки. Впрочем, думается, что интересы научные сократились не по умственной лени, а потому, что более и нельзя заниматься на этой должности, чем занимаюсь. Конечно, не извиняю себя совершенно относительно лености. Здесь по необходимости приходится заниматься не ради науки самой в себе, но применяясь к силам начинающих вступать в нее.