Из всех детей отца Василия более всех любил храм и церковное богослужение Иван: ребенком он выстаивал по нескольку служб подряд – утреню, раннюю и позднюю литургии. Богослужение стало его родной стихией и дома, и в духовном училище, и в семинарии, где был храм преподобного Иоанна Дамаскина и престольный праздник всегда совпадал с днем его тезоименитства. Впоследствии именно богослужение он считал главным средством христианского воспитания человека, придавая большое значение благоговейному, неспешному и уставному его совершению, четкости и внятности чтения канонов. В 1892 году Иван окончил Нижегородскую духовную семинарию и поступил на казенный счет в Московскую духовную академию.
Учился Иван в академии в то время, когда ее ректором был архимандрит Антоний1, ставший его духовным отцом, с ним он впоследствии сблизился и подружился. Как ректор, архимандрит Антоний старался воздействовать на студентов не столько административной строгостью, сколько положительным личным примером. Любя и почитая ученое монашество, он в себе самом являл образец ученого монаха и добросовестного христианского пастыря, причем без напускной мрачности и демонстративного аскетизма. Студенты тянулись к нему, чувствуя, что он не столько администратор, обязанный по своему положению поддерживать дисциплину, сколько отец академии, искренне помогающий разрешать разного рода возникающие вопросы, к нему без стеснения можно было обратиться не только за духовной, но и за материальной поддержкой.
Конец ХIХ – начало ХХ столетия стало временем выявления духовных тенденций, ставших результатом исторического пути России и в особенности последних двухсот лет проводимых в стране реформ. И как светская, так и духовная интеллигенция стояла тогда перед выбором – или западноевропейская культура, в основе которой в то время был атеизм, или начальная история Руси, в основе которой было в значительной степени христианское восприятие мира. Перед студентами, предполагавшими принять священный сан как профессию не по праву наследования, а по призванию, стояла ответственная задача стать людьми образованными.
Собрав как-то после ужина в столовой студентов, архимандрит Антоний стал беседовать с ними. Он рассказал им о людях 1860-х годов, которые, увлекшись известными идеями и чувствами, выражали недовольство и презрение к существующим в государстве порядкам, были горды и нетерпимы к мнениям противников, которых они называли консерваторами, хотя те были людьми более широких взглядов. Один из таких «консерваторов», Иван Сергеевич Аксаков, говорил, что вместо либеральных возглашений им бы нужно встать на практический путь, отправившись служить, например, в какой-нибудь уезд врачами. В ответ он был лишь осмеян. Люди 1860-х годов утверждали либерализм государственно-правовой. А славянофилы говорили, что у народа больше достоинства и свободы, и утверждали для личности либерализм, который сопровождается обычно самоограничением, имеет начало в борьбе с собой и основан на религии. Такая позиция важна для педагогов, чтобы они могли ограничивать свои стремления к расширению прав над учениками, демонстрируя при этом совершенно иное отношение к начальству.