Доминирование политической мотивации в принятии решений, касающихся национальной авиационной системы, привело к тому, что любые экономические и финансовые расчёты, выверенные бизнес-планы и инвестиционные соглашения предприятий и холдингов могут быть легко заблокированы или, наоборот, обоснованы политическими методами. Например, российские авиационные КБ вместе взятые за весь постсоветский период разработали меньше летательных аппаратов, чем любое из советских КБ, площади которых они занимают, за одну советскую пятилетку. Тем не менее разгораются ожесточённые споры даже по поводу допустимости их объединения, не говоря о закрытии149, со ссылкой на необходимость сохранения «уникального потенциала, созданного прошлыми поколениями конструкторов и авиастроителей».
Собственники организаций авиационной системы не могут не замечать, что эффективность лоббистских комбинаций, направленных на получение бюджетных средств, заметно выше эффективности действий по совершенствованию бизнес-процессов. Тем более что нередко усилия по оптимизации бизнеса, особенно участников ГОЗ, создают прямую угрозу потери выручки и прибыли. Без корректировки сложившихся управленческих практик государственных заказчиков и регуляторов дестимулирующее влияние государства на приоритеты коммерческой деятельности организаций авиасистемы будет нарастать, подрывая и без того невысокий уровень её конкурентоспособности.