В сентябре 1654 года Богдан Хмельницкий направляет Сомко с письмом в царскую ставку, что указывает на большое доверие к нему гетмана. Ответственные поручения Яким Семёнович выполнял еще не раз. Уже в то время он пользовался немалым влиянием. Неоднократно участвовал в совещаниях казацкой старшины, собиравшейся для обсуждения важнейших вопросов.
Однако в 1657 году после смерти великого Богдана, положение Сомко пошатнулось. Видимо, хорошо зная, что собой представляет новый гетман – Иван Выговский, Яким Семёнович отнесся к его избранию отрицательно. Но выступить открыто не мог – Выговскому верили в Москве и всех его противников считали бунтовщиками. Воспользовавшись этим, новоявленный обладатель гетманской булавы приступил к расправе над недовольными.
Опасаясь за свою жизнь, Сомко вынужден был бежать на Дон. Около года провёл он в изгнании. Когда же Выговский открыто объявил об отделении от России и присоединении Малороссии к Польше, Яким Семёнович вернулся, чтобы вступить в борьбу с предателем.
Гетман пытался заручиться поддержкой казацкой старшины. Любопытно, что в перечне лиц, которым он выхлопотал у польского короля шляхетское достоинство, есть и фамилия Сомко: Выговский старался подкупить противника. Но казак не продался за дворянское звание. Он становится одним из руководителей антигетманского восстания. Осенью 1659 года изменнику пришлось отречься от власти и бежать.
Теперь булаву получил Юрий (Юрась) Хмельницкий, сын Богдана и племянник Сомко. Яким Семёнович оказывается чуть ли ни самым приближенным к новому гетману человеком. С триумфом приехал он в родной Переяслав. И вряд ли предполагал, что вскоре будет воевать с близким родственником.
В августе 1660 года Юрась вслед за великорусской армией воеводы Василия Шереметева выступил в поход на поляков. На время своего отсутствия наказным гетманом он назначил дядю. Сомко должен был поддерживать порядок в тылу и готовить подкрепление для войска. Только вот очень скоро тыл превратился в арену боевых действий.
Поход Шереметева закончился катастрофой. В октябре окруженная врагами под небольшим городком Чуднов армия после отчаянного сопротивления капитулировала. А еще до того слабовольный Юрась Хмельницкий, видя трудное положение воеводы, предпочел сдаться, вновь признав над Малороссией власть польского короля. И малорусы… подчинились, в большинстве своем, этому решению.