Не все гладко поначалу складывалось у Веры Федоровны на столичной сцене. Там господствовала актриса Мария Гавриловна Савина, которую сразу же начало раздражать появление в театре нового и бесспорного таланта. Савина была откровенно груба и агрессивна по отношению к Комиссаржевской.
В Александринке сначала Комиссаржевской предлагали только небольшие роли второго плана. Вера Федоровна вскоре взбунтовалась и поставила условие: или она играет роль Ларисы в «Бесприданнице» Островского, или уходит из театра вообще. Актрисе пошли навстречу. Премьера состоялась 17 сентября 1896 г. Вскоре достать билеты на «Бесприданницу» с Комиссаржевской было просто невозможно. Хрупкая, нежная, внешне совсем не эффектная, Комиссаржевская привлекала внимание одухотворенностью, живыми неподдельными чувствами.
А ровно через месяц она произнесла со сцены знаменитое: «Я – чайка… Нет, не то… я актриса», соединив навсегда свое имя с образом Нины Заречной в чеховской «Чайке», и это случилось за два года до постановки «Чайки» в Московском Художественном театре. Сам Чехов считал Комиссаржевскую непревзойденной исполнительницей Нины Заречной. Комиссаржевская играла и другие чеховские роли: Сашу в «Иванове» и Соню в «Дяде Ване».
Личные отношения Чехова с Верой Федоровной складывались непросто. Чехов так и не решился признаться ей в любви, а она, в свою очередь, не могла забыть той ужасающей душевной травмы, которая на всю жизнь осталась после бывшего мужа. И более близкие отношения у них не сложились, хотя оба, весьма вероятно, этого чрезвычайно хотели.
Появление на казенной сцене актрисы столь неожиданной индивидуальности было свидетельством предстоящих перемен в русском актерском искусстве. «Комиссаржевская пришла к нам на грани новых форм жизни, прилетела ласточкой предбудущих поколений… С первыми звуками этого скорбного в радости и жгучего в печали голоса Комиссаржевской многими предчувствовалось появление новой тревоги, нового страха, нового страдания, которые зарождались в искусстве, опередив жизнь», – писал ведущий театральный критик Кугель.
К 1902 г. у Веры Федоровны накопилось недовольство репертуаром Александринского театра. К тому же она устала от ненависти Савиной, и она покидает Александринку. Два года актриса почти беспрерывно колесит по провинции с гастролями. В 1904 г. она решает открыть в Петербурге собственный театр – на деньги, собранные во время гастролей по провинции, которые у нее всегда проходили с аншлагами. Актеров она решила выбирать сама, так же, как и формировать репертуар театра.