Когда скончался великий князь Иоанн, святитель взял под свою опеку малолетнего его сына Димитрия (будущего Донского). Много пришлось святому владыке потрудиться, дабы примирять и смирять строптивых князей, не желавших признавать власть Москвы. Вместе с тем не оставлял митрополит и трудов по устройству новых обителей. Им основаны в 1361 году Спаса Нерукотворенного Образа монастырь на Яузе в Москве (Андроников, по имени ученика преподобного Сергия, первого игумена монастыря) по обету, который он дал, когда корабль во время его поездки в Константинополь терпел бедствие; Чудов – в Московском Кремле, восстановлены и две древние обители – Благовещенская в Нижнем Новгороде и Константино-Еленинская во Владимире. В 1361 году также была построена женская общежительная обитель его имени (Алексеевская).
Святитель Алексий достиг глубокой старости – 78 лет, пробыв на митрополичьей кафедре 24 года. Почил он 12 февраля 1378 года и погребен по завещанию в Чудовом монастыре. Мощи его были обретены через 50 лет чудесным образом, после чего стали чтить память великого святителя и молитвенника за Русскую землю.
Память его совершается 12/25 февраля, 20 мая / 2 июня (Обретение мощей), 5/18 октября (Московских святых)