С августа 1999 года начат обмен ЮКОСом акций дочерних компаний на единые акции НК. Одновременно удалось урегулировать вопрос по покупке акций ОАО, принадлежавших Кеннету Дарту. В течение последующих двух лет доля ЮКОСа в Юганскнефтегазе увеличилась до 93 %. В июле 2001 года по результатам размещения акций нового номинала доля ЮКОСа в уставном капитале Юганскнефтегаза составила 100 %…» (Петр Сапожников. Дожили. Началась распродажа ЮКОСа. – Газета «Коммерсантъ», № 131 от 21.07.2004).
Как уже отмечалось, в апреле 1996 года группа топ-менеджеров банка Менатеп во главе с Ходорковским вошла в руководство нефтяной компании ЮКОС. Начались кадровые кульбиты и рокировки. Сначала Сергей Муравленко покинул свой пост – в конце мая его избрали председателем совета директоров, а во главе компании встал Ходорковский. Спустя несколько дней, четвертого июня, последний был избран председателем совета директоров ОАО НК ЮКОС. В должности заместителя председателя совета и президента компании утвердили Сергея Муравленко.
На состоявшемся в октябре этого же года заседании совета директоров ЮКОСа было официально объявлено о завершении реорганизации компании, в результате которой она стала полностью централизованной. Перед этим в течение августа-сентября во всех дочерних акционерных обществах прошли собрания акционеров, где были приняты решения не меняющие их статуса, но ставящие под полный контроль новых владельцев ЮКОСа.
Вместо генеральных директоров вводилась должность «главных управляющих», назначаемых исполнительным органом компании. Кадровая реорганизация завершала создание новой модели управления мощным нефтяным холдингом в условиях рыночной конъюнктуры, в первую очередь ориентированным на получение максимальных доходов его собственников. Политика долгосрочного планирования капитальных вложений в развитие и модернизацию производства, создание современных рабочих мест, разведку недр и науку тоже приносилась в жертву главному приоритету – наращиванию чистой прибыли…
После президентских выборов Ходорковский получил благодарность за активное участие в организации и проведении выборной кампании Бориса Ельцина. Вероятно, именно в этот момент и решилась окончательно судьба Юганскнефтегаза, а заодно – города и жителей региона. Это и есть календарная точка, когда менатеповскими воротилами была получена индульгенция на драконовскую приватизацию и прочие «опричные вольности».