Созданная редакционная коллегия журнала «Молодые перья», была вынуждена распуститься в связи с началом Балканской войны. Омер Сейфеттин снова был вызван в армию. Попал в плен в окружении в Яне. Говорят что, во время одногодичного плена в Нафлионе он беспрерывно читал. В этот период он написал такие рассказы, как «Махди» (идущий по верному пути, имя двенадцатого имама, пришествие которого ожидается мусульманами, мусульманский мессия), «Свободные флаги». Эти рассказы он опубликовал на турецкой родине. Читая в период плена, он получил важный опыт для писательской деятельности.
После окончания плена, в 1913 году Омер вернулся в Стамбул. 23 января 1913 года он присоединился к организации Энвера Паши правительства Османской империи. Немного позже он оставил военную службу и начал зарабатывать на жизнь преподавательской и литературной деятельностью. Он создал словарь и написал статьи, в которых высказал свои соображения по турецкому языку и был назначен на должность в главную редакцию журнала «Турецкая речь». В 1914 году приступил к преподавательским обязанностям в Кабаташ Султане и продолжал эту деятельность до своей смерти.
В 1915 году Омер женился на госпоже Джалибе дочери доктора господина Бесима Этхема из партии «Единение и прогресс». Несмотря на рождение дочки по имени Гюнер семья не сложиась и он опять оказался в одиночестве.
С 1917 года до даты смерти 6 марта 1920 года несмотря на то, что Омер много времени горевал и скучал, в этот период он плодотворно трудится над искусством короткого рассказа. Он написал 125 рассказов в 10 книгах. Он публикует рассказы и статьи в газетах «Заман» («Время»), «Вакит» («Пора») и «Ифхам» («Толкование») и журналах таких как «Тюрк Кадыны» («Турецкая женщина»), «Дикен» («Колючка»), «Йени Дунья» («Новый мир»), «Бюйюк Меджмуа» («Большой сборник»), «Донанма» («Морской флот»), «Шаир» («Поэт»), «Йени Меджмуа» («Новый сборник»). Вместе с этим он продолжает преподавательскую деятельность.
20 февраля 1920 года усилилась болезнь, 4 марта писатель был направлен в больницу. 6 марта 1920 года его глаза закрылись. Омер Сейфеттин был похоронен на кладбище Кушдили Махмуда Бабы перед Кадикёем. Позже, 23 августа 1939 года, его прах был перенесён на кладбище Зинджирку Асри, в связи с необходимостью строительства гаражей и дороги на месте прежнего кладбища.