11 марта князя пытали, а на 16 марта была назначена его казнь путём повешения. Ф. Бергхольц, камер-юнкер герцога Голштинского, сообщает, что царь накануне казни приходил к Гагарину и обещал его помиловать, если тот признается в совершённых преступлениях, но Гагарин якобы признать свою вину отказался и был казнён.
Труп Гагарина болтался на ветру, мок под дождём и поджаривался на солнце перед Юстиц-коллегией целых 7 месяцев. Можно с уверенностью предположить, что он должен был послужить предостережением для ближайших сподвижников Петра, в первую очередь для Алексашки Меншикова, беззастенчиво запускавшего руку в государственную казну. На Петра это было похоже: припадки жестокосердия посещали его довольно часто.
Барельеф «Матвей Петрович Гагарин». Открыт в Тобольске в 2012 году.
Если судить по справедливости, то кандидатов на «шейный галстук» в окружении царя было более чем предостаточно, причём среди них были и такие, заслуги которых просто меркли перед заслугами князя Матвея. И первым кандидатом был светлейший князь А.Д.Меншиков, за которым в очереди стояли вице-канцлер П.П.Шафиров, сенатор Я.Ф.Долгоруков, вице-губернатор А.А.Курбатов и многие другие.
Кстати, в 1722 году за лихоимство, кражу и похищение казны был отдан под суд воронежский губернатор и приятель Меншикова С. А.Колычов. Его, как и Гагарина, подвергли пыткам, на которых присутствовал сам Пётр. Следствие показало, что размах воровской деятельности Степана Андреевича был сравним лишь с «деяниями» полудержавного властелина Меншикова. Было установлено, что с Колычовым, кроме Меншикова, был тесно связан адмирал Апраксин. Следствие длилось два года, а в 1724 году, после коронации супруги Екатерины, Пётр неожиданно отдал Колычова на поруки.
24 января 1724 года был подвергнут публичной казни ярославский фискал А.И.Никитин, которого изобличили в получении взяток на сумму 111 рублей и бочонка вина. Его приговорили к смертной казни, но потом царь его тоже помиловал. Ему вырвали ноздри, наказали кнутом и отправили в ссылку в Рогервик.
Д.О.Серов пишет, что Пётр в отношении взяточников часто проявлял либерализм и смертную казнь заменял на ссылку и наказание кнутом, и дело тут не только и не столько в сострадании, а в осознании им бесспорного и страшного факта: взяточничество и казнокрадство сверху донизу пронизали административную систему России, и если строго придерживаться закона, то наказывать следовало всю чиновную братию. И с кем же остался бы наш реформатор при управлении государством? Отметим только, что устрашающего эффекта казнь Гагарина на царских чиновников не возымела ни при Петре, ни в последующие времена. Пришедший на место Колычова губернатор Пашков был ничуть не лучше. Пример предшественника его ничему не научил.