שפות הבנטו מדוברות גם על ידי קבוצות של פיגמים של אגן קונגו (Efe, Basu A, Bambuti וכו'), הנבדלים בדרך כלל כעמים נפרדים. בקרב הבנטוס המזרחי והמרכזי, השפה הסוואהילית שחוותה השפעה ניכרת של הערבית נפוצה בעשורים האחרונים, מספר הדוברים אותה הוא 60 מיליון (העם הסווהילי מונה 1.9 מיליון). אדמואה, תת-הקבוצה המזרחית, כוללת את האזנדה, צ'אם-בה, בנדה ואחרים החיים במרכז ובמזרח סודן.
קבוצת קורדופן, קטנה יחסית במספרה ובטריטוריה, כוללת את עמי קואליב, טוםטום, טגלי, טלודי וקטלה (רפובליקת סודן).
משפחת נילו-סהרה מיוצגת על ידי קבוצות: סונגהאי, סהרה, שרי-נילוס, וכן שני עמים נפרדים מבחינה לשונית מאבה ופור (פרווה). הסונגהאי כוללים את הסונגהאי ממש, וכן את הג'רמה והדנדי, המאכלסים את גדות האמצע של ניז'ר; לקבוצת הסהרה – קנורי, טובה (טיבו) וזגאווה, החיים לאורך חופי אגם צ'אד ובסהרה המרכזית. קבוצת השרי-ניל המשמעותית ביותר במשפחה זו כוללת את עמי מזרח סודאן (דינקה, פואר, לואו, בארי, לוטוקו, מסאי, נובה או נובים וכו'), שנכללו בעבר במשפחה נילוטית עצמאית; עמי מרכז סודאן (בגירמי, מורומאדי), עמי ברטה וקונמה. עמי קבוצה זו חיים בצפון זאיר ובדרום סודן. השפות המורומאדיות מדוברות על ידי שבטי הפיגמים (Efe, Basua וכו').