Одновременно к недостаткам сельскохозяйственного налога необходимо отнести кассовый метод признания доходов и расходов, в то время как другие компании применяют метод начисления, что говорит о разнице в признании доходов и расходов. При использовании кассового метода согласно статье 273 НК РФ, дата поступления дохода считается днем поступления денежных средств на счет или в кассу, вместе с тем, продукция может быть в данную дату еще не отгружена, имущественные права фактически не переданы, и в этой связи нельзя говорить о передаче качественного товара, работы или услуги. Кассовый метод в целом ряде случаев требует пересчета налоговой базы при взаиморасчетах между контрагентами, кроме того применение различных методов признания доходов и расходов контрагентами предполагает разницу в признании доходов и расходов при проведении камеральных и встречных налоговых проверок.