Тех заключённых, которых не расстреливали, осуждали, как правило на 20–30 лет и отправляли в печально известную тюрьму «Пресидио Модело на острове Пинос (Хувентуд). Такую судьбу не избежали политические заключённые Хорхе Валлса и Юбер Матос, а также многие другие диссиденты.
Че Гевара не раскаивался в том, какую роль он играл в этих казнях. Он писал приятелю, что казни врагов Революции необходимы для свободы народа Кубы. Биограф Джон Ли Андерсен цитирует его запись в дневнике о том, как в феврале 1957 года он лично расстрелял одного из предателей, крестьянина Эвтимио Герра. Наверно эта деталь биографии легендарного Че не известна тем, кто сейчас носит футболки с его профилем.
В дальнейшем Че Гевара получил кубинское гражданство и принимал активное участие в деятельности революционного правительства, которое начало перестраивать социально-экономическую модель Кубы в соответствии с принципами социализма. В 1959–1961 годах Эрнесто занимал пост председателя Кубинского национального банка, в 1961–1965 годах – министра промышленности.
Гевара любил вспоминать, как его назначили банкиром на заседании кабинета министров. Кастро тогда объявил, что ищет хорошего экономиста, Гевара поднял руку и получил эту должность. Позже Кастро удивился, как тот оказался экономистом.
– Экономистом? – удивился Гевара. – Мне показалось, что ты тогда сказал «коммунистом».
Финансисты не сочли это назначение забавным и всячески саботировали решения главного банкира Кубы, а Гевара нарочно их злил, подписывая документы своим знаменитым росчерком «Че!».
Он произвёл впечатление на Жан-Поль-Сартра, который вместе с Симоной де Бовуар приехал в Гавану на несколько дней в феврале 1960 года. Сартр был очарован тогда медовым месяцем Революции и превозносил отношения между вождями и народом. Французский философ провёл немало часов беседуя с Геварой и позже назвал его самым совершенным человеком XX века.
В декабре 1964 года Че Гевара представлял Кубу на Генеральной Ассамблее ООН в Вашингтоне, где выступил с резкой критикой США. Совершая различные дипломатические поездки Че несколько раз, посещал СССР. Если сразу после победы революции он был сторонником тесного сотрудничества с Советским Союзом, то в дальнейшем разочаровался в политике Москвы. Широко известна речь Гевары в феврале 1963 года в Алжире, в которой он обвинял СССР в выстраивании отношений с другими социалистическими странами на принципах торговой выгоды. По мнению Че, Советский Союз являлся «в определённом смысле пособником империалистов».