Граф уделял большое внимание и сюжетам Семибоярщины (в работе 1906 года «Заметки по поводу Семибоярщины» автор тщательно разбирает ее состав и судьбу ее членов и опровергает стремление историков навесить на них ярлыки изменников). Часть работы он посвящает также личности Расстриги. Одной из задач историка он называл «оправдание личности Расстриги и установление его подлинности, так как под наслоением клевет, подтасовок, подлогов скрывается тайна, освещающая весь последующий ход истории». К примеру, Шереметев считал, что личность Петра I получила бы совсем иное толкование, а переход из истории средневековой Руси в Новую историю России не был бы столь резким, если бы благоприятные обстоятельства оставили на троне «законного государя» (РГАДА, ф. 1287, оп.1, д.70, л.161.).
Фигура Расстриги выбрана не случайно – это еще одно «белое пятно» русской истории. Сомнение по поводу происхождения этой личности выражали многие историки, начиная с Миллера и Карамзина – до Погодина и Костомарова (который особо отмечал слишком слабую изученность темы и недостаток материалов для того, чтобы делать окончательные выводы и склонялся к той или иной точке зрения).
Своими изысканиями по истории Смуты Шереметев привлек к себе внимание исторического сообщества. Ходом его разработок интересовались В. О. Ключевский (особенно отмечавший новизну методологического подхода графа к исследованию) и С. Ф. Платонов, лично знакомые с графом, а также авторы крупных исследований о Смуте – В. С. Иконников и К. Н. Бестужев-Рюмин – крупнейшие историки конца XIX века.
Смуте посвящено около десяти работ Шереметева. Все они, как отмечалось выше, закладывали фундамент для воплощения одной цели – создания глобального труда о судьбе «убиенного царевича». Непосредственно по 1591 году им было опубликовано «По поводу родословия Нагих» и «От Углича к морю Студеному». Напомним, что два же основных его труда – «Расстрига» и «Угличское событие» так и не увидели свет при жизни автора.
Разрабатывая собственный метод исторического исследования, Шереметев многое почерпнул у своего современника – М. П. Погодина, прежде всего, стремление объяснить исторические события влиянием субъективных причин. Если реформы Петра I Погодин объясняет как следствие династического кризиса начала XVII века, то для Шереметева практически вся предыстория Смутного времени находится в зависимости от родственных, семейственных и дружественных связей.