Вместе с тем, основной проблемой предоставления льгот является целостного экономического представления у предпринимателей и малых предприятий о региональной дифференциации льгот, поскольку льготы принимались в отношении различных отраслей экономики, в разное время и различными регионами на разный срок.
На практике можно встретить ситуации отмены целевых региональных программ поддержки малого и среднего бизнеса в судебном порядке, в качестве примера можно привести отмену программы, утвержденной Правительством Республики Калмыкия 26 декабря 2008 г. принято Постановление N 463 "О республиканской целевой программе "Развитие малого и среднего предпринимательства в Республике Калмыкия на 2009 – 2012 годы" (Определение Судебной коллегии по административным делам Верховного Суда РФ от 6 марта 2013 г. N 42-АПГ13-1).
Еще одной проблемой в рамках стихийного развития налогообложения малого бизнеса можно назвать не до конца урегулированные вопросы предоставления налоговых преференций в особых экономических зонах.
Резиденты особых экономических зон могут применять налоговые льготы в бюджеты субъектов федерации, а также освобождаться от налога на имущество на срок до 10 лет, получить преференции по транспортному и земельному налогу в зависимости от зоны. Вместе с тем, на практике, развитие особых экономических зон и налоговое регулирование осуществляются не синхронно. По данным Министерства экономического развития6 в настоящее время сформированы особые экономические зоны, но при этом отсутствует регулирование в области налогообложения в таких, например, зонах, как ОЭЗ Иннополис, ОЭЗ «Моглино», ОЭЗ «Людиново», ОЭЗ Приморский край, ОЭЗ Республика Бурятия, ОЭЗ Алтайский край, ОЭЗ Иркутская область, ОЭЗ Мурманская область. Аналогичным образом складывается ситуация в отношении кластеров, с одной стороны, кластер сформирован, а с другой стороны, на уровне субъекта федерации льготы в области налогообложения не приняты, не установлен порядок их применения и участия субъектов малого предпринимательства в подобных программах, в качестве таких кластеров можно назвать ОАО «КСК» Кабардино-Балкарской Республики, ОАО «КСА Республики Адыгея», ОАО «КСК» Карачаево-Черкесской Республики, ОАО «КСК» Республики Дагестан, ОАО «КСК» Республики Северная Осетия-Алания, ОАО «КСК» Ставропольский край, ОАО «КСК» Республики Ингушетия. Следовательно, субъекты малого предпринимательства фактически не могут воспользоваться льготами в области налогообложения, поскольку данный вопрос не решен на региональном уровне.