Истинная византийка, Феодора, безусловно, была очень набожна. Её религиозность отмечали и церковные мужи: патриарх Севир именует её «царицей, которая чтит Христа», Михаил Сириянин утверждает, что Феодора заботилась о мире церквей больше своего супруга. Однако, будучи расчётливым и тонким политиком, Феодора также не могла не учитывать и государственное значение своих действий. Покровительствуя монофизитам в противовес политике Юстиниана, Феодора не только не нанесла вреда своему супругу, но, напротив, оказала ему неоценимую услугу. Зная мощь монофизитов, Юстиниан не мог быть уверен в том, какая из церковных доктрин в конечном итоге одержит верх, а посему, как отмечает Карташёв, ему было выгодно, чтобы диссиденты находили в лице верховной власти не только противостояние, но и поддержку. «Для Юстиниана это было одной из гарантий, что в случае победы диссидентов он не будет сброшен с трона, если монофизиты останутся друзьями Феодоры, – подчёркивает профессор. – Тогда и в случае революции династия уцелеет. Когда гонимые монахи-монофизиты в Сирии в озлоблении оскорбляли портреты Юстиниана, они в то же время молились о здравии «благочестивейшей государыни» и желали ей победить «несторианствующего синодита», то есть своего мужа. С другой стороны, православные, видя уступки Юстиниана монофизитам, приписывали это дурным влияниям Феодоры и желали Юстиниану поскорее избавиться от неё».
Так, немало способствовав установлению равновесия между диофизитами и монофизитами, Феодора вместе с Юстинианом сохранила единство мировой христианской империи и «заложили первый основной камень создания V Вселенского собора».
Жизнь после смерти
Правившая Византийской империей более двух десятилетий, Феодора умирает 29 июня 548 года после продолжительной и тяжёлой болезни. Епископ Виктор Туннунский, идеологический противник Феодоры, так описал её смерть: «Августа Феодора, врагиня халкедонского собора, поражённая по всему телу раковой опухолью, необыкновенным образом окончила жизнь». Император Юстиниан, переживший возлюбленную супругу на целых семнадцать лет, оплакивал Феодору до конца дней и остался верен её памяти, так и не женившись вторично. Давая торжественные обещания, он всегда клялся её именем; в её честь он называл города. В главной базилике монастыря Святой Екатерины на Синае, построенной по приказу императора, на века была оставлена надпись: «Упокоению блаженной памяти императрицы Феодоры».