В 1810 г.министр просвещения А.К. Разумовский докладывал императору, что по-прежнему "в число гимназистов принимаются большей частью дети сторонних … чиновников и разночинцев и по окончании в гимназии наук или и прежде сего отпускаются по собственному их произволению". В результате академические суммы "издерживадлись" без всякой пользы для Академии. Министр предлагал изменить правила приема и потребовать от родителей, чьи дети воспитывались на иждивении Академии, давать подписку, что они не заберут своих сыновей из учебного заведения раньше времени. Кроме того, те из учеников, которые "покажут способности к наукам", должны были поступать в Педагогически инстиут на казенное содержание, а после его окончания либо перейти на службу в Академию (если будут того достойны), либо прослужить шесть лет в учтельском звании или других должностях по ведомству Министерства народного просвещения. При несоблюдении этих требований А.К. Разумовский предлагал взыскивать с родителей суммы, потраченные на обучение их детей. Похоже, что эти суровые меры так и не были введены в действие и остались лишь на бумаге.
В 1822 г. Губернская гимназия была преобразована в особое Высшее училище, которое принимало только детей родителей «свободного состояния», т.е. не состоявших в подушном окладе, и готовило чиновников для гражданской службы. Плата за обучение существенно повысилась, и Академия наук не пожелала дальше финансировать своих учеников. Еще в 1818 г. ее президент граф С.С. Уваров предлагал навсегда упразднить класс академических воспитанников, так как «сия мера не только не приносила никаких выгод Академии, но была еще разорительною». В результате на имя министра духовных дел и просвещения А.Н. Голицына пошли жалобы и прошения. Одно из таких «покорнейших прошений» исходило от ученика первого касса Петра Шаунбурга, в котором мальчик, испытывавший «пламенную приверженность к наукам» и желавший окончить курс, сообщал: превращение его в полупансионера «к моему прискорбию повергает меня непреодолимым трудностям, ибо я не имею ни родителей, ни состояния, которые могли бы обеспечить меня в содержании; сам же не нахожу никаких средств к оному и с горестию вижу только тёмную будущность, которая неминуемо должна замедлить или совершенно остановить ход моего образования». В других документах говорилось, что ученикам было велено «идти из гимназии, кто куда хочет», поскольку «казённое содержание на них прекратилось», у них отобрали форменное платье и учебники. Жалобы родственников были признаны основательными, и министерство обязало Академию наук довести оставшихся семь учеников до выпуска, обеспечив их полное содержание.