В течение всего советского периода историками недостаточно использовались документы антибольшевистских властей, сообщения белой прессы, очень аккуратно цитировались партизанские мемуары, особенно те, в которых бесхитростно и откровенно сообщалось о многочисленных и нередко садистских расправах над безоружными людьми (пленными, мирными жителями), а также упоминались многочисленные факты пьянства, мародерства и насилия. Совершенно не оценивался демографический, моральный и материальный ущерб от партизанщины, ее негативное воздействие на взаимоотношения русского и аборигенного населения Сибири и Дальнего Востока.
Подобное игнорирование важнейших обстоятельств не позволяло написать объективную историю краснопартизанского движения восточной части страны. Хотя периодически появлялись отдельные неортодоксальные статьи специалистов по истории партизанщины, противостоявшие казенной линии35. В годы перестройки вышла хорошо фундированная книга барнаульского краеведа В. Ф. Гришаева об алтайском партизанском вожде Ефиме Мамонтове, где, на фоне традиционного восхищения повстанцами, впервые громко прозвучали критические ноты в отношении партизанских бесчинств, амбиций командиров, указывалось на репрессии в отношении многих видных партизан36.
Партизаны поныне остаются самыми мифологизированными участниками гражданского противостояния. Характерно, что с крушением коммунистического режима Гражданская война не стала историей в полном смысле этого слова, ибо общественное примирение не наступило и поныне; разность идейных потенциалов многих исследователей и публицистов чаще выливается в полемическое «искрение», а не в создание цепочек взвешенных суждений. Очевидно, что не является чисто академической проблемой и история красного террора во всех его ипостасях – таких, как партизанщина, насилие со стороны частей Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА), внутренних войск, частей особого назначения (ЧОН) и милиции, чекистские чистки, красный бандитизм. Однако значительная часть новейших работ до сих пор полностью игнорирует и сам феномен партизанщины (как в книге Г. А. Трукана, где правительству Колчака посвящена обстоятельная глава37), и партизанское насилие к такой заметной части крестьянского населения, как казачество38, несмотря на то что красный террор, переросший в геноцид, привел, например, к уничтожению до трех четвертей 175-тысячного уральского казачьего населения