После оглашения приговора Курбе перевели во временную тюрьму Оранжери в Версале, где ему пришлось спать «на трехсантиметровом слое насекомых». Чуть позже, 22 сентября, его этапировали в старую парижскую тюрьму Сент-Пелажи.
Сестре Зоэ в конце концов удалось убедить префекта полиции разрешить Курбе писать в его камере. Приводить к нему натурщиков не позволялось, но Зоэ приносила фрукты и цветы для натюрмортов.
В тесной каморке заключенного Курбе создал целую серию небольших композиций из цветов и фруктов. Он написал также портрет одного из тюремщиков, а на стене у кровати изобразил девушку с цветами в волосах. Голова ее, казалось, лежит на подушке художника. Сохранилась легенда, согласно которой надзиратель, обманутый реалистичностью увиденного, пришел в ярость при виде женщины, возлежащей в постели заключенного. Однако обнаружив, что дерзкая «нарушительница порядка» всего лишь нарисована, он от души посмеялся.
Незадолго до падения правительства Тьера Национальному собранию Франции была представлена смета на восстановление Вандомской колонны. 30 мая 1872 года Национальное собрание ее утвердило, с поправкой, внесенной новым кабинетом. В судебном порядке следовало уточнить общую стоимость восстановления колонны и взыскать ее с Курбе.
Это странное решение было совершенно беспрецедентным актом. До сих пор ни один конкретный человек или группа людей не признавались ответственными за ущерб, нанесенный общественной собственности во время революционных событий. Этот акт был тем более несправедливым, поскольку, когда колонну решили снести, Курбе не был даже членом Коммуны. Впрочем, в некоторых отношениях он вполне подходил на отведенную ему роль ответчика по этому громкому делу.
Курбе, несомненно, был связан с Коммуной. Он был весьма видной фигурой, как в прямом, так и в переносном смысле этого слова. Художник не бежал, как сделали многие его единомышленники, т. е. был у судебных органов «под рукой». К тому же считалось, что он богат. Немаловажным обстоятельством также являлось и то, что Курбе имел немало явных и тайных врагов.
19 июня 1872 года новый министр финансов Пьер Мань, непримиримый бонапартист, приказал по всей Франции конфисковать собственность Курбе. В Париже, Безансоне, Орнане и Флаже свора судебных приставов остервенело накинулась на семью и друзей художника, конфискуя все, что попадалось под руку. Мастерскую художника на улице Отфёй в Париже перевернули вверх дном, привратнику Бену было приказано не давать ничего из нее выносить. На полотна Курбе в галереях Дюран-Рюэля и других торговцев картинами был наложен арест. Железнодорожные компании получили инструкцию не перевозить ничего, принадлежащего Курбе.