Трактат «Бансэнсюкай» состоит из шести больших разделов: «Сэйсин» («Правильный дух»), «Сёти» («Наставления военачальнику»), «Ё-нин» («Невидимость при свете дня»), «Ин-нин» («Невидимость в темноте»), «Тэндзи» («Небесные циклы») и «Нинки» («Инструменты ниндзя»), которые разделены на двадцать два свитка. Оригинал «Бансэнсюкай», написанный рукой Фудзибаяси до нас не дошёл, всё что мы имеем – это поздние редакции. Вполне возможно, что оригинал действительно был написан на свитках, но при переписывании трактата, его написали в переплетённых тетрадях, таким образом получилась вполне привычная нам книга в виде кодекса. Переписанные свитки были объединены в несколько книжных томов, количество которых варьируется от десяти до двенадцати. Так, редакция Ига насчитывает двенадцать томов, а редакция Кока насчитывает десять томов.
Первый свиток трактата называется «Дзё» («Начальный том»). Он содержит предисловие, содержание всех томов и раздел «Ниндзюцу мондо» («Вопросы и ответы о ниндзюцу» или «Диалоги о ниндзюцу», если перевести более литературно), в котором подробно рассматривается происхождение ниндзюцу, его основные принципы, объясняется смысл названий для лазутчиков в Китае и в Японии: кантё, юси, кодзин, синоби, мицумоно, кёдан и т.д., приводятся исторические примеры, показывающие необходимость использование ниндзюцу на войне.
Второй и третий свитки называются «Сэйсин» (другой вариант чтения «Сёсин» – «Правильный дух»). Этот раздел является особенно важным потому, что правильный дух – основа всех вещей и всех методов ниндзя. Фудзибаяси объясняет это тем, что: «…на первый взгляд, синобигэй8 напоминает воровское ремесло: синоби должен быть способным влезать на заборы и каменные стены, вскрывать замки и срывать засовы. Таким образом, эта книга является потенциально опасной, потому что даёт сведения о подобных методах, и люди безнравственные, не имеющие страха перед Небом, могут использовать их для совершения своих преступлений, и в итоге получится, что я их учил воровать. Чтобы избежать подобной опасности, я поставил „Сэйсин“ („Правильный дух“) прежде всех глав».
В этом томе говорится о пути добродетели, о правильном отношении к жизни и смерти, что должно ниндзя помочь обрести правильное состояние духа. Фудзибаяси писал, что: «…этот том обязателен для тех, кто только начинает учиться. Они должны использовать эти главы как руководство и держать их учение близко к сердцу всё время, даже когда отдыхают, едят, или спят, таким образом, взращивая в себе мужество, бесстрашие, верность долгу, и продолжать учиться долгое время. Постигнув это учение, они станут просвещёнными и знающими, что есть правильный дух. Если это учение постигнет человек слабый, он станет сильным; если постигнет человек злонамеренный, он станет добродетельным и справедливым; если это учение постигнет глупец, он станет мудрым. Если вы обладаете прямотой духа, вы преуспеете во всём. Однако если ваш дух замутнён, то даже самые хитроумные стратагемы не принесут вам успеха. Даже если вы хорошо подготовите вашу стратегию, противник узнает об этом. Независимо от того, насколько вы сильны, вы не достигнете успеха в трудной миссии. Поэтому, прежде всего, необходимо иметь правильный дух».