Загрязнение на поверхности планеты со значительной силой тяжести приводит к оседанию отходов и веществ на её поверхность. Но в экзоэкологии чаще рассматривается загрязнение метеороидов и станций со слабым полем тяготения. Выброс веществ при слабой гравитации приводит к тому, что поток вещества обретает твёрдую форму, сцепляется в гранулы и путешествует с приобретённой скоростью в направлении выброса. Если скорость достаточно высока, то образуется метеорный поток, который уйдёт в неизвестном направлении и станет миной для встречного судна или станции без метеоритной защиты. При низкой начальной скорости рой частиц станет обращаться вокруг метеороида или станции в поле её тяготения, что с одной стороны сделает его менее опасным, так как подходящие корабли снижают скорость, с другой стороны многократно увеличится вероятность столкновения.
Экипаж обязан уведомлять капитана, а капитан портовые власти при обнаружении незарегистрированного метеорного потока.
Хотя обязательная противометеоритная защита и периодические чистки пространства тральщиками в окрестностях станций и на орбитах планет снижают вероятность встречи с метеорами и возможный урон, тем не менее, мусор остаётся одним из главных факторов износа и случайных повреждений судна при выполнении рейса.
Загрязнение космоса столь же опасно, что и загрязнение планет. Хотя, учитывая высокие степени защиты инженерных сооружений, индивидуальные средства защиты и малую реактивность среды, штрафы в пространстве ниже, а нарушения реже приводят к уголовному преследованию. Экипажу всё же следует всячески снижать вероятность загрязнений, исходящих от судна, груза, пассажиров и экипажа.
Исправное судно вообще не должно производить отходов. Продукты эксплуатации механизмов и жизнедеятельности должны проходить переработку и направляться в новый рабочий цикл, либо накапливаться. Ремонт и обслуживание должны выполняться специалистами. Реактивные вещества и отработка сдаваться портовым службам.
Обслуживание на орбитальных станциях гораздо дешевле планетарных. Им проще хранить и накапливать отходы, а затем утилизировать большими массами, запуская контейнерные поезда в звезду, недра которой способны переварить даже упавшую планету. Судоводителю следует помнить, что стоимость обслуживания в портах всегда на порядок меньше, чем штрафы за загрязнение.