В тоже время Парацельс одним из первых обращает внимание на существование «душевных болезней». Он пишет: «Все болезни, за исключением тех, что вызваны механическими причинами, проистекают из невидимого, и об источнике их обычная медицина знает весьма мало. Люди, лишенные силы духовного восприятия, не способны постичь, что существует нечто такое, что невозможно увидеть… Однако число болезней, возникающих по неизвестным причинам, значительно превышает число тех, что возникают по механическим причинам, и от таких болезней наши медики не знают лекарств, ибо, не ведая причин, они не могут устранить их». Сам Парацельс такие болезни предлагал лечить силой Природы, утверждая, что врач – это лишь проводник этой силы. «Поскольку врач лучше всех других может славить и прославлять Бога, он должен и знать больше остальных». Совершенный врач, таким образом, есть «средство, через которое природа начинает действовать», (Юнг, 1958).
В трактате: «О невидимых болезнях» Парацельс изложил свои соображения по поводу болезней религиозного безумия (характерного для сект анабаптистов). Он отверг традиционный для своего времени подход к психически больным, обосновал никчемность и опасность распространенных в народе магических ритуалов. В данном сочинении он писал также о «порхающих фантазиях», толкающих человека на путь самоубийства и рекомендовал для предотвращения суицидальных тенденций вспомнить о Боге, который «для каждого положил пределы» и мобилизовать все силы души. Этим трактатом Парацельс начал длинную цепь исследований «тоталитарных сект», ставших визитной карточкой швейцарской психиатрии.
Праматерией Парацельс считал магнитную энергию, утверждая, что именно магнитная энергия рождает из небытия твёрдое вещество и все известные виды энергий. Кроме этого, магнитная энергия наполняет весь видимый мир, пронизывает собой звезды, планеты и человека. Парацельс полагал, что мозг человека в особом трансе с помощью магнитной энергии может управлять внешней средой и другими людьми, т. е. в основе психической энергетической силы человека лежит магнитная энергия, она же определяет и состояние физического здоровья.
Парацельс открыто выступал против догматизма в медицине, так, в Базельском университете на глазах изумленных студентов он сжёг сочинения Гиппократа, Галена и Авиценны (подобно тому, как Мартин Лютер за несколько лет до этого публично сжёг папскую буллу). Да и сам курс медицины читался Парацельсом на немецком языке, что было вызовом всей университетской традиции, обязывавшей преподавать только на латыни. А практические занятия он старался проводить у постели больного. «Не титул, не ораторское искусство, не чтение книг создают врача, – утверждал он, – но единственно знание вещей и сил природы». Несмотря на яркий афоризм (а он был мастером «красного словца»), менее всего Парацельса можно упрекнуть в чистом эмпиризме. Доминирующую концепцию его базельских лекций можно, по словам Весиака (1984), назвать «семиотикой, в центре которой находится пациент».