Борис и сам не мог точно объяснить, как ему удалось тогда выжить и не попасть в жернова машины репрессий. Лишь чудом объяснялось то, что он не только избежал тюрьмы, но даже никогда не обвинялся в «протаскивании враждебных теорий» или в «меньшевиствующем идеализме». Возможно, здесь сыграло свою роль, что их с Левитом дороги к тому времени уже разошлись: учитель перебрался в Ленинград, а его ученик остался в столице. К тому же, когда Левита арестовали, Каганский находился в отпуске, отдыхал с супругой в одном из крымских санаториев.
Когда он возвратился в Москву и явился в институт, Борису объявили, что учреждение больше не работает, а весь коллектив распущен. Пришлось искать новое место, просить, изворачиваться, унижаться. Каганскому всегда претило подобное поведение, но обстоятельства вынудили его поступиться собственными принципами. В конце концов Борису удалось получить место на кафедре биологии одного из институтов. А потом началась совсем другая жизнь, вечное притворство, когда он нигде не мог открыто заявить о своих убеждениях и научных взглядах. Но Каганский мужественно терпел всё, что преподносила ему судьба. Терпел не столько ради себя, сколько ради жены, которую безгранично любил и восхищался её умением переносить выпавшие на их долю невзгоды. Борис всё чаще стал благодарить бога за то, что они с женой так и не завели детей.
Такая жизнь могла бы длиться ещё долго, если бы не недавнее решение советского руководства окончательно заклеймить генетику как «буржуазную лженауку» и добить остатки спасшихся во время Большого террора.
Прошедшая около месяца назад сессия Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени Ленина явилась спусковым крючком для широкомасштабной кампании по разгрому «идеалистической» биологии в Советском Союзе. А буквально на днях Президиум Академии медицинских наук СССР официально запретил медицинскую генетику. Последовали увольнения генетиков, программы по биологии и генетике в университетах, медицинских и педагогических вузах стали пересматривать и исправлять, научные планы в научно-исследовательских институтах и лабораториях спешно подгоняли под идеологически верные стандарты.
После того, как Бориса также понизили в должности и в придачу лишили премии, он не выдержал. На заседании кафедры Каганский позволил себе сказать лишнее в защиту генетики. Причём сделал это весьма эмоционально и в выражениях, которые при других обстоятельствах вряд ли можно было услышать из уст интеллигентного человека.