Национализация произведений искусства и концентрация шедевров в главных государственных музеях давала уникальные возможности, но и таила вполне реальные опасности. Благодаря национализации стало возможным раскрытие чудотворных икон, без чего нельзя было бы увидеть и изучать древнюю живопись, скрытую под более поздними поновлениями и загрязнением. Такое разрешение можно было получить лишь от советской светской власти, церковь не дала бы на это согласие. Однако национализация и перемещение такого огромного количества ценностей в период революционного хаоса, насилия и воинствующего атеизма были связаны с огромными потерями и порчей художественных произведений. Даже поступление в ведущие музеи не гарантировало сохранности. Музеи задыхались от недостатка площадей; документы описывают ужасы хранения в порой не приспособленных для этого битком забитых помещениях. Кроме того, теперь собственником всего этого художественного богатства стало государство, которое могло распоряжаться им по своему усмотрению и в своих интересах.
Сконцентрировав львиную долю художественного достояния страны в нескольких крупных музеях и хранилищах Государственного музейного фонда, советская власть затем начала процесс сложного и затянувшегося на годы перераспределения ценностей. Коллекции дробились и обезличивались: наиболее ценное поступало в центральные музеи, причем произведения искусства могли переходить из одного музея в другой; драгоценности уходили в Гохран, менее ценное поступало в провинциальные музеи или Госфонд для продажи через антикварные магазины. Иконы не избежали этой участи, они тоже оказались втянуты в сложный процесс централизации и перераспределения. Так, после преобразования Музея русской художественной старины в Музей фарфора началось странствование икон А. В. Морозова. Через Музейный фонд часть их была распределена по музеям, другие проданы. В 1920‐е годы были расформированы собрание икон Румянцевского музея и зубаловская коллекция. Более счастливой оказалась судьба иконного собрания И. С. Остроухова. По смерти бывшего владельца в 1929 году Музей иконописи и живописи был закрыт. Его здание предназначалось под студенческое общежитие, но впоследствии было признано непригодным для этой цели. Музей скоропалительно расформировали, однако иконное собрание избежало распыления и в основном поступило в Третьяковскую галерею.