Лишь в начале 1990-х годов, когда лорд Волан-де Морт ведёт активные поиски камня, Фламель решает, что прожил достаточно долгую жизнь и более не желает создавать и использовать Эликсир жизни. Поначалу философский камень хранится в надёжном сейфе банка «Гринготтс» в Лондоне, но накануне попытки похищения Тёмным лордом его извлекают и передают под охрану старому партнёру Фламеля, Альбусу Дамблдору. Дамблдор поручает нескольким профессорам Хогвартса создать особые препятствия, способные остановить любого, кто попытается вынести камень из замка. В качестве последнего средства Дамблдор накладывает заклинание, гарантирующее, что заполучить камень сможет только тот, кто хочет лишь найти его, но не использовать. В конечном итоге добраться до камня удаётся двоим: Квиринус Квиррелл (одержимый Волан-де-Мортом) и Гарри Поттер преодолевают все препятствия и достигают финального испытания с зеркалом Еиналеж, но достаётся камень именно Гарри.
После победы юного волшебника над Квирреллом артефакт уничтожают. Без камня и эликсира, поддерживающего их жизнь, Фламели смиряются со своим невероятно преклонным возрастом и отправляются в новое увлекательное приключение под названием «смерть». О существовании другого философского камня ныне ничего не известно, и, вероятно, секрет его создания Николас Фламель унёс с собой в могилу.