Все эти проявления регистрировались с ужасающей точностью и были описаны тщательно и объективно. Однако не предпринималось или почти не предпринималось никаких усилий, чтобы объяснить их логически или объединить в целостную картину. Фундаментальные знания, на основании которых можно было бы предпринять такие попытки, были удручающе недостаточными, а желание сделать такую попытку практически отсутствовало. Единственным аспектом, оказавшимся своего рода исключением, стал вопрос: как болезнь передавалась от человека к человеку и из страны в страну? Об этом много размышляли и выдвигали разные эзотерические теории. Основными были две, не являвшиеся, впрочем, взаимоисключающими. Приверженцы первой считали, что инфекция передается от человека к человеку, а сторонники второй верили в существование «миазма», или ядовитого облака.
Средневековые доктора столкнулись с ситуацией, когда на одной территории внезапным и необъяснимым образом умирало множество людей. Эта зона смертности постепенно смещалась, завоевывая новую территорию и оставляя старую. Любые мыслящие существа, столкнувшиеся с подобным феноменом, но при этом совершенно несведущие в области медицины, скорее всего, пришли бы к одному и тому же объяснению. Должно быть, существует что-то вредоносное в самом воздухе, который медленно перемещается из одного места в другое, гонимый ветром или побуждаемый собственным загадочным движением. Существовало множество различных точек зрения на природу этой переносимой по воздуху опасности, ее происхождения и физического облика. Но почти каждый средневековый ученый или доктор считал само собой разумеющимся, что главной причиной Черной смерти является порча атмосферы.
Споры вращались преимущественно вокруг степени вреда, который такая порча может нанести подверженной ей атмосфере. Арабский философ и врач из Гранады Ибн Хатима занял крайнюю позицию, утверждая, что в некоторых случаях порча может быть абсолютной, иными словами – сама природа воздуха может быть безвозвратно изменена разложением. В таком воздухе не родится никакой свет, а тем более облако, в котором может выжить человек. Подобные условия существовали только в самом сердце охваченной чумой области, а вокруг наверняка можно было обнаружить зону частичного заражения воздуха, где существовала угроза смерти, хотя все еще большая, но уже не неизбежная. Изменение в составе воздуха могло быть вызвано движением звезд или гнилостными испарениями разлагающейся материи. Однако в случае Черной смерти Ибн Хатима считал, что причину следует искать в погодных капризах предшествующих лет.