Когда Таранатхе было четырнадцать лет, в Тибет прибыл индийский йогин Буддагуптанатха. Этот мастер Дхармы стал одним из основных учителей Таранатхи. Сам Таранатха говорил, что обязан своим пониманием учений Тайной мантры лишь доброте Буддагуптанатхи.
В те времена Тибет посещали и другие буддийские и небуддийские индийские йогины и ученые, такие как Балабхадра, Нирванашри, Пурнананда, Пурнаваджра, Кришнабхадра и другие. Некоторые из них давали Таранатхе глубокие наставления и переводили вместе с ним на тибетский язык санскритские рукописи. Часть переводов Таранатхи включена в тибетские канонические собрания кангьюра и тенгьюра.
В 1588 году Джедрунг Кунга Палзанг передал Таранатхе трон держателя традиции Джонанг, хотя официальная церемония возведения состоялась только в 1595 году. Таранатха принял на себя ответственность за возрождение и распространение глубоких учений Всеведущего Долпопы. Он был полон решимости защитить от опасности исчезновения бесценную линию передачи.
Хотя в то время в Джонанге пользовались руководством по практике шести йог Калачакры, составленным учеником сердца Долпопы, Чогле Намгьялом (1306–1386), лишь немногие понимали глубину философских взглядов Долпопы и его духовных сыновей. Таранатха считал изложенное Долпопой воззрение жентонг тайным, глубинным учением всех будд и бодхисаттв. Хотя сам Таранатха не признавал какой бы то ни было возможности опровергать другую философскую систему, он чувствовал потребность защитить истинные взгляды Долпопы путем опровержения ошибочных воззрений и утвердить правильное толкование согласно линии преемственности Долпопы.
В этот период Джампа Лхундруб, учитель Таранатхи, посоветовал ему восстановить большую ступу Джонанг Кумбум, построенную Долпопой около двухсот шестидесяти лет назад. Таранатха с большим усердием приступил к этому проекту.
Однажды утром перед окончанием реставрационных работ у него возникло чудесное видение: земля и небо были заполнены бессчетным множеством людей, которые двигались в одном направлении. Вместе с ними он пришел в красную треугольную долину, в центре которой находилась невероятно красивая хрустальная гора. Гора была наполнена ступами различных размеров, и в каждой из них бессчетное множество будд и бодхисаттв проповедовали Дхарму. С неба падали дождем цветы, и возникали другие чудесные знамения. Все люди совершали подношения хрустальной горе и в унисон повторяли молитвы. Исполнившись благоговения, Таранатха спросил, что это за гора, и получил ответ, что это ступа Дханьякатака, где Будда впервые даровал Калачакра-тантру. Позже Таранатха пришел к выводу, что это видение было обусловлено интенсивной работой многих людей над реставрацией ступы Джонанг Кумбум.