На начало октября 1919 года армия состояла из двух армейских корпусов, пяти пехотных дивизий, отдельной бригады и ряда отдельных полков и других частей (всего было 26 пехотных полков, 2 кавалерийских, 2 отдельных батальона и 1 отряд); полки в составе дивизий и бригады имели единую нумерацию и насчитывали от 200 до 1000 штыков каждый. В состав каждой дивизии входили также: отдельный легкий артиллерийский дивизион (по номеру дивизии), инженерная рота, перевязочный отряд и запасная рота или батальон, а также другие части. Вне дивизий существовали Конно-Егерский полк, ударный батальон Шувалова, отдельный батальон танков, 1-я авторота, 1-я автоброневая батарея, Шведский Балтийский легион, 1-й и 2-й запасные полки и 1-й и 2-й запасные артдивизионы.
Северо-Западная армия была невелика по численности. К маю корпус насчитывал 5,5 тысячи человек. В момент наивысшего своего подъема – к началу октябрьского наступления на Петроград – она насчитывала 17 800 штыков, 700 сабель, 57 орудий, 4 бронепоезда, 6 танков, 2 бронеавтомобиля и 6 самолетов. Общая ее численность едва достигала 50 тысяч человек. В общей сложности до 10 процентов армии составляли офицеры. Они, как правило, находились только на командных должностях (от 40 до 100 офицеров на полк). В начале декабря 1919 года офицеров и классных чинов насчитывалось (без сведений по некоторым частям) ТЛТЬ человека.
Верховное руководство армией принадлежало генералу от инфантерии Н.Н. Юденичу, который в июне 1919 года указом Верховного правителя России адмирала Колчака был назначен Главнокомандующим войсками Северо-Западного фронта. С февраля 1919 года южной группой Северного корпуса, а с июля и всем корпусом и Северо-Западной армией командовал полковник А.П. Родзянко (произведенный в генералы), в конце ноября 1919 года его сменил генерал-лейтенант П.В. Глазенап, а в январе 1920 года – генерал-лейтенант граф А.П. Пален.
По договору Эстонии с большевиками Северо-Западная армия подлежала расформированию и превращалась в массу беженцев. Отношение эстонцев к Белому движению было враждебным, и они терпели Русскую армию Юденича лишь как неизбежное зло, пока им самим угрожали большевики. Северо-Западная армия избегла неприятностей эвакуации из портов под давлением противника, но зато оказалась в крайне тяжелом положении в Эстонии. От болезней вследствие тяжелейшего положения армии в Эстонии и отношения к ней эстонских властей умерли тысячи людей. В полках насчитывалось по 700–900 больных при 100–150 здоровых, количество больных, не помещенных в госпитали, достигало 10 тысяч, общее число заболевших составляло 14 тысяч. Более того, эстонское правительство объявило призыв на принудительные лесные работы 15 тысяч человек «лиц без определенных занятий» (то есть ровно столько, сколько было тогда работоспособных чинов армии), фактически установив, таким образом, институт рабства для русских офицеров и солдат; реально было отправлено на работы 5 тысяч человек.