С прибытием месопотамцев боеспособность Сибирской флотилии значительно повысилась, не только в смысле уровня технических знаний в среде личного состава, но и в политическом отношении. Люди этого отряда, из которых часть была участниками похода генерала Корнилова, часть из Морской роты капитана 1-го ранга Потемкина и большинство – балтийцы, были чужды приморских специфических ориентаций и потому, не раздираемые никакими внутренними интригами политического характера, внесли с собой то дружное настроение, которое всегда необходимо для успеха работы.
Прибытие с ними нескольких молодых штаб-офицеров и лейтенантов позволило командующему флотилией произвести замену некоторых чинов своего штаба и командиров кораблей. Временно исполняющим обязанности начальника штаба и флаг-капитана по распорядительной части был назначен вновь прибывший капитан 2-го ранга А.П. Ваксмут, вместо контр-адмирала Подъяпольского, который остался лишь в должности директора маяков и лоций Тихого океана. Капитан 2-го ранга Гарковенко>230 был назначен флаг-капитаном по оперативной части вместо уволенного от службы лейтенанта Прозорова>231. Капитан 2-го ранга С. Ильвов, лейтенант И. Тихомиров и старший лейтенант М. Сафронов>232 были назначены командирами миноносцев «Твердого», «Инженера-механика Анастасова» и «Бойкого»; старший лейтенант Буцкой был назначен командиром посыльного судна «Илья Муромец». Была учреждена должность флагманского интенданта, на которую был назначен старший лейтенант В. Гинтер>233. Плавучие средства порта, укомплектованные раньше вольнонаемным составом, были заменены военнослужащими из числа прибывших на «Франце Фердинанде». Заведующим плавучими средствами был назначен капитан 1-го ранга Пышнов, который и оставался в этой должности до конца пребывания белой флотилии во Владивостоке.
В конце августа 1922 года командующий флотилией адмирал Старк был назначен начальником тыла, и на флотилию с принадлежащими ей сухопутными частями легли следующие задачи: 1. Охрана Владивостока. 2. Борьба с партизанами на полуострове Муравьев-Амурский в Посьетском районе. 3. Охрана побережья Татарского пролива. 4. Поддержка блокады побережья залива Петра Великого к востоку от Владивостока. 5. Оборона Камчатки. 6. Охрана звериных и рыбных промыслов и лесных богатств в районе побережья, занятого белыми. 7. Доставка пополнений и грузов отряду генерала Пепеляева на побережье Охотского моря. Вся эта работа потребовала исключительного напряжения состава флотилии.