В конце 1944 года Эквтиме не выдержал, так как сил для ежедневной борьбы уже не было, и написал директору Музея искусств Грузии Шалве Амиранашвили с просьбой спасти народные сокровища, которые оказались под угрозой конфискации французскими властями. Требования были таковы: если не будет погашен долг за их хранение в Версальской публичной библиотеке, сокровища перейдут Франции. Сам Сталин на переговорах с Шарлем де Голлем лично просил последнего о возвращении ценностей в Грузию. В итоге в апреле 1945 года Эквтиме, сопровождая коллекцию, вылетел на родину.
Он ступил на асфальт тбилисского аэропорта, поклонился, встал на колени и поцеловал землю. Слишком уж долгой была эта дорога домой…
В Грузии его приняли прекрасно. Тут же назначили профессором Тбилисского университета, а чуть позже – академиком Академии наук Грузии. Однако почет и уважение при советской власти оказались недолгими. Вскоре его обвинили в том, что он являлся агентом Франции, и не только уволили со всех постов, но и лишили пенсии, поместив под домашний арест. Эквтиме навещали его друзья-академики и Католикос-Патриарх Грузии Каллистрат (Цинцадзе) – по пропускам – и приносили немного еды.
…Ночь близилась к рассвету. Вот уже курд-дворник вышел мести улицу. Значит, скоро проснется город и начнется новый день. Появится молочник с осликом и разбудит людей протяжными:
– Мацони, малакооо!
Так хочется поесть мацони напоследок. Но, увы, денег нет и на эту малость.
…Эквтиме Такаишвили, находясь в крайней нужде, перешел в вечность в феврале 1953 года. На похоронах хранителя народного достояния было всего несколько человек. Шпион все-таки. Личность подозрительная.
10 февраля 1963 года, в столетие со дня его рождения, тело Эквтиме Такаишвили было перезахоронено в Дидубийском пантеоне в Тбилиси. При вскрытии гроба оказалось, что не только тело, но даже его одежда и обувь не были тронуты тлением. Позже мощи были вновь перенесены на Мтацминда, где покоятся и ныне. Тело его жены Нины было привезено из Левилля (Франция) и захоронено рядом.
В 2002 году Священный Синод Грузинской Православной Церкви канонизировал Эквтиме Такаишвили, причислив его к лику святых. С тех пор он почитаем и любим грузинским народом как святой Эквтиме Божий человек.