В 1788 году, когда Полли исполнилось пятьдесят девять лет, ее стали мучить странные боли. Без ведома Джона она обратилась к врачу, который поставил диагноз: рак груди. Это не стало для нее неожиданностью. Главной ее заботой был Джон. Такая новость стала бы для него катастрофой. Поэтому Полли решила прооперироваться втайне, когда Джон будет в отъезде. Но врач отказался. Раковая опухоль уже дала метастазы. Правда была такова, что Полли оставалось жить менее двух лет.
Поначалу Джон воспринимал происходящее гораздо тяжелее, чем Полли. Стараясь смириться с волей Бога, он «метался как бешеный бык, на которого набросили сеть», как сам он признался позже. Некоторое время Полли, напротив, переносила все стоически.
Но только некоторое время.
Когда болезнь стала прогрессировать и боли усилились, Джон мог только в бессилии наблюдать. А Полли, всякий раз, почувствовав себя немного лучше, старательно изучала Библию. Позднее Джон писал: «Ее Библия всегда со мной (я не обменял бы ее и на половину ватиканского собрания манускриптов), и в ней практически все важные места, от начала и до конца книги, отмечены ее собственноручными карандашными пометками на полях». Джон гордился Полли.
Но потом «рассудок Полли затуманился, мысли стали путаться; и постепенно она потеряла всякий интерес не только к поискам истин, заключенных в Библии, но и к самой Истине. И, кроме того, она испытывала невероятное отвращение к смерти… Видеть это было очень и очень тяжело».
Вместе с тем и ее привязанность к Джону утратила свою силу. «Она, разговаривая со мной, была полна безразличия».
Хотя Джон и переносил эти перемены с огромным трудом, он все же не усомнился ни в ее любви к Богу, ни в любви к нему самому. «Утверждать, будто Полли утратила веру, – значит утверждать, что она не любила мужа все последние сорок лет».
Пробыв в таком «страхе и смятении» примерно две недели, Полли вновь обрела свое прежнее душевное состояние. Но ее здоровье быстро ухудшалось.
Незадолго до рождества 1790 года Полли умерла. Ей был шестьдесят один год.
Джон писал: «Когда моя жена умерла, весь мир умер вместе с ней». Но еще до ее смерти Джон начал бороться с отчаянием и психологической агонией. Он рассказывает об этом так: «За два или три месяца до ее кончины, когда я ходил взад и вперед по комнате, произнося обрывки молитв, а сердце мое разрывалось от тоски, меня неожиданно поразила одна мысль: „Вне всякого сомнения Господь поможет мне, если только я сам захочу принять эту помощь“». Он не хотел погрузиться в длительные, «не имеющие смысла переживания».