Младший сын, Пол, гораздо больше общался с матерью, чем с отцом. Пол считал, что именно Эмма была в их доме тем человеком, на котором держалось все: «Если наша семья и казалась идеальной, то исключительно благодаря матери». Эмма сыграла значительную роль также и в основании Библейского института Мооди в Чикаго. Дуайт был президентом Чикагского евангелического общества, которое собиралось открыть школу. Однако между советом директоров и молодыми специалистами возник конфликт. Мооди, который долго оставался нейтральной стороной, наконец решил, что с него достаточно. Он сложил с себя президентские полномочия, и это было воспринято как довольно-таки резкий жест с его стороны. Кроме того, это могло помешать открытию школы. «Мне все это надоело, я устал», – написал Дуайт.
Когда Эмма узнала об этом, она написала письмо на девятнадцати страницах, обращаясь ко всем, кто был связан с проектом. Вскоре она переубедила и Д. Л., и тот послал телеграмму, в которой отменял свое решение об отставке.
Вскоре Чикагский библейский институт был открыт.
Мооди работал очень много, как и прежде, несмотря на возраст и избыточный вес. Однажды в течение трех месяцев он посетил девяносто девять мест, часто проповедуя по три-четыре раза за день. Ничто не угнетало Дуайта больше, чем безделье.
1899 год стал трудным годом для семьи Мооди. Д. Л. было тогда шестьдесят два, а его рабочий график был все таким же плотным. Внезапно умерли два его внука, и их родители были убиты горем. Тяжело переживали это и Дуайт с Эммой.
Д. Л. очень хотел поехать в Филадельфию. «Если Богу будет угодно, я обращу этот город за зиму. Как бы я хотел это сделать перед смертью!» – говорил он.
По дороге в Канзас-Сити, где он организовал евангелизационную кампанию, Дуайт заехал в Филадельфию. Там он собирался навестить Джона Ванамакера и подготовиться к проповедям, которые ему предстояло произнести. Он был потрясен, когда узнал, что его старый друг Джон Ванамакер живет с любовницей.
Он отправился дальше, но две недели спустя сильные боли в груди вынудили его оставить служение и вернуться домой, в Нортфилд.
Через месяц, в декабре 1899 года, он умер.
После того как Дуайта похоронили, Эмма потеряла интерес к жизни. Это отразилось и на ее здоровье. Она страдала от нефрита и не могла больше писать правой рукой. Два последних года своей жизни она училась писать левой. Это очень хорошо показывает, как Эмма Мооди преодолевала трудности. Однажды Д. Л. Мооди сказал репортерам: «Никого не переоценивают в Америке больше, чем меня». И он мог бы добавить, что никого не недооценивали больше, чем его жену. Уилл Мооди писал: «Для Дуайта Мооди его жена всегда была надежной опорой. Советом, сочувствием и верой эта женщина поддерживала его во всех его трудах, и каждое его усилие удесятерялось ее рассудительностью, тактом и самопожертвованием».