Бургундия была в шоке. Жители Брюгге организовали покаянную процессию, в которой принял участие Максимилиан, и молили Бога о спасении жизни герцогини. Священники поспешно принесли реликвию Крови Христовой к ее одру и молились о чуде. Но ничего не помогало. У герцогини не было шансов. Понимая, что времени не осталось, она собрала всю политическую волю и призвала к смертному одру советников и рыцарей ордена Золотого руна. Как и ожидалось, она объявила наследниками своих детей Филиппа и Маргариту. Она также попросила советников признать Максимилиана официальным регентом Бургундских Нидерландов до объявления Филиппа совершеннолетним.
В последние минуты Мария простилась с четырехлетним Филиппом: «Прощай, Филипп, мой милый сын, судьба нас скоро разлучит». Она умерла в два часа пополудни 27 марта 1482 года в Принсенхофе. Герцогине незадолго до этого исполнилось 25 лет. Их брак с Максимилианом продлился всего пять лет. Ходили слухи, что в момент несчастного случая Мария была беременна в четвертый раз, но эти слухи не подтвердились. Ее забальзамированное тело в роскошных одеждах было выставлено на парадном посмертном ложе в течение трех дней, чтобы жители Брюгге могли с ней попрощаться. Герцогиня была похоронена неделю спустя в гробнице в церкви Богоматери в Брюгге. Тело ее отца, Карла Смелого, перевезли в Брюгге через Люксембург из Нанси 76 лет спустя и захоронили рядом в церкви Святого Донатиана. Не хватало лишь сердца герцога: его буквально потеряли в Нанси, поскольку оно было забальзамировано и захоронено рядом с ним в отдельном ларце. Устройство памятников Марии и ее отца стоило жизни примерно пяти рабочим, отравившимся парами ртути при позолоте надгробий.
Политическая воля Марии Бургундской вызвала недовольство Генеральных штатов, утвердивших исходный брачный договор, по которому оба супруга правили наравне, а их дети назначались прямыми наследниками. Но Мария в последний момент перед смертью в завещании объявила Максимилиана временным регентом и опекуном Филиппа до достижения им совершеннолетия. Это означало, что до этого Максимилиан становился ее универсальным наследником, а исходный брачный договор утрачивал силу. Представители Генеральных штатов открыто негодовали, поскольку признавали только брачный договор. В конце концов, по нормам частного права дети являлись прямыми наследниками родителей. Генеральные штаты опасались, что Максимилиан, которого они считали иноземцем, авторитарным возмутителем спокойствия и транжирой, отстранит их от власти и нарушит Великую привилегию. Для Генеральных штатов Максимилиан возглавил страну лишь номинально.