Особенность обнаруженных рукописей заключалась в том, что они состояли словно из двух слоев. Создавалось ощущение, что на каком-то этапе Гоголь начинал переписывать набело текст, попутно подвергая его не слишком значительной правке. А затем уже по этому тексту, видимо по прошествии некоторого времени, текст существенно переправил и дополнил, внося исправления и на полях, и между строк.
Когда С. П. Шевырев, которому друзья Гоголя и его семья поручили расшифровку глав, стал готовить для печати текст второго тома, он в основном принял во внимание тот текст, который в рукописи прочитывался уже после внесенной в него правки. Понадобилось три года, чтобы получить разрешение этот текст опубликовать.
П. А. Кулиш, который готовил следующее издание, расслоил рукопись, сформировав таким образом две редакции: «первоначальную», которая прочитывалась по нижнему слою рукописи, и «исправленную», которая представляла собой верхний слой.
Но и с этим оказалось не все так просто. Казалось бы, «исправленная» версия в издании Кулиша (1857) должна была быть идентичной той, которую напечатал Шевырев в так называемом издании Н. Трушковского (племянника Гоголя) в 1855 году. Однако тексты выглядели как неидентичные. Помимо не прочитанных Шевыревым отдельных мест, которые впоследствии были разобраны, различие было вызвано еще и тем, что промежуточная правка, имевшаяся в рукописи, субъективно могла быть отнесена и к нижнему, и к верхнему слою. И каждый, кто заново пытался читать и расшифровывать гоголевские рукописи второго тома, предлагал свой вариант, не полностью совпадавший с предыдущим.
Собственно, в этом кроется и причина той мифологии, что возникла вокруг второго тома и не прекращает вокруг него самовоспроизводиться. Советская текстологическая традиция, предполагающая обязательную выработку «белового» или «окончательного» текста, ситуацию только усложнила. С легкой руки Шевырева статус «основного» (канонического) текста был придан верхнему слою рукописи, который читателю, с рукописью Гоголя незнакомому, стал представляться как отражающий некий беловой манускрипт. Нижний же слой стал попадать в раздел «Других редакций» и подавался как черновой4. И оттого стало казаться, что рукописей второго тома «Мертвых душ» существует несколько.
Не решило эту проблему и последнее академическое издание, в котором, правда, «основная редакция» (в отличие от большинства предыдущих изданий) дается по нижнему слою, а черновая – по верхнему