Однако, политическая обстановка послевоенного периода быстро рассеяла эти иллюзии: научный руководитель кандидатской диссертации О. М. Медушевской – проф. А. И. Андреев был отстранен от преподавательской деятельности за приверженность западной науке и отказ выступить с критикой взглядов своего учителя – А. С. Лаппо-Данилевского, а сменивший его В. К. Яцунский также оказался объектом систематической критики в рамках идеологической кампании борьбы с «низкопоклонством перед иностранщиной». В этих условиях, вспоминала позднее О. М. Медушевская, написанная ею под руководством Андреева и защищенная под руководством Яцунского диссертация – «Русские географические открытия на Тихом океане и в Северной Америке (50 – начало 80-х годов XVIII в.) – получила, правда, очень высокую оценку ведущих специалистов, но одновременно – категорический отказ администрации в публикации. Уже в ходе защиты было заявлено, что содержащаяся в ней информация может быть использована идеологическими противниками, что исключало не только публикацию работы, но и возможность ее продолжения. Действительно, вскоре использованные в работе источники были закрыты для исследователей. Последующий интерес иностранных исследователей к работам Ольги Михайловны и их попытки встретиться с нею лично для обсуждения этой тематики или пригласить на конференцию (уже в послесталинский период) – жестко пресекались партийным руководством Института.
Не менее характерна ситуация с подготовкой второй – докторской диссертации – «Теоретические проблемы источниковедения». Ее первоначальный текст переписывался как минимум три раза по замечаниям «товарищей», причем с каждым разом становилось все труднее отстаивать заложенные изначально принципиальные позиции. Я помню, что после одного из таких обсуждений, она вернулась домой совершенно изможденная, сказав, что защиты скорее всего не будет вовсе, но, «возможно, это и к лучшему». На мой вопрос о причинах этого, она сказала, что они коренятся в невозможности идти на дальнейшие идеологические уступки и просто предложила пойти гулять в лес. Во время этой прогулки она заметила, что иногда бывает трудно определить, где проходит граница, после которой уступки становятся невозможны, но ее необходимо определить по линии этических и профессиональных критериев. Главным из них является сама возможность сохранения способности к творчеству, поскольку именно на ее уничтожение направлена вся идеологическая машина. Этим принципом Ольга Михайловна всегда руководствовалась и в своих отношениях с цензурой, четко объясняя редактору-цензору, какие его «пожелания» она готова принять, а какие – нет. Скорее всего, именно этим объясняется отсутствие у нее «толстых» книг: свои идеи она предпочитала формулировать в различных научных пособиях, учебных программах и в устной форме – в лекционных курсах, т. е. жанрах, в меньшей степени подвергавшихся идеологическим и цензурным ограничениям. Будучи чрезвычайно чувствительна ко всякому обману и лицемерию русская интеллигенция советского периода вынуждена была искать формы адаптации к враждебной социальной реальности используя иносказание и самоцензуру.